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1906年7月18日，政启虽然召见了代表们，但此时的政启和保皇党少壮派担心议会们的势力日大，坚称“应行筹备各大端，事体重要，头绪纷繁，计非可立即所能行事，”“急亦无可再急”，国民必须遵守“应循之秩序”，要求立宪派人士对预备立宪期限不得再议更张。
虽然请愿团立即召开国会的目的没有实现，但张謇认为政治活动中适当的妥协也属正常，而且只有一年了，不必急于一时。因此他中止了原定活动联络的计划，他开始着手组织起赴美考察和中美合办银行、航运业等实业。
但一些民主党人士仍旧不满，继续要求立即召开国会。7月下旬，东北三省代表十多人再次来到北京，呈递请愿书，认为政启三年召开国会实在是为时已晚，仍旧要求朝庭立即就召开国会。政启也失去了劝谕的耐心，下令驱逐请愿代表并将其遣回原籍，且逮捕了议员中最为活跃的天津学界同志会会长温世霖。
尽管冲突还在继续，但这时进入了一个极为短暂的缓和期，如果没有皇族内阁的出台和铁路国有政策的颁布，矛盾的再次激化也许不会如此之快。
准议会机构资政院在实际运行中已起到了监督政府的作用，甚至敢于弹劾军机大臣。“皇族内阁”成立之后，民主党企图推倒此内阁。1906年8月，42位议员提交了《再呈都察院代奏明降谕旨另简大臣组织内阁文》，明确表示反对皇族成员占大多数的内阁。
资政院在职权之内，所做的第一个调解是地方督抚与咨议局的争议案——广西巡抚与咨议局之争。该省咨议局在1906年举行常会时，巡抚张鸣岐将“禁售鸦片烟土议案”提交该局议决，定于1906年7月全省一律禁绝。后因财政问题，巡抚利用自己的行政权力批准延期禁售。但没有按照咨议局章程规定再交付咨议局审核。广西咨议局遂以地方官员行政专制为由，计划以全体辞职抗议，并将该案提交资政院核办，朝庭在上谕中也同意这样的解决办法。资政院通过开会讨论后决议广西巡抚按照计划速禁鸦片销售，另一方面电饬广西省咨议局收回辞职请求，立即复会开始正常运作。
另有湖南巡抚杨文鼎为增加本省财政收入，于1906年5月21日发行公债，筹得款项120万两，但此举却未按照规定交付咨议局议决，朝庭也没有遵照章程规定就擅自批准。6月6日，湖南省咨议局电请资政院核议，资政院认定巡抚违反行政法规，要求朝庭收回批准，朝庭最后以“系属疏漏”为由为行政官员开脱。
此外，资政院还支持云南省咨议局关于盐斤加价，以维护盐商利益的议案、支持浙江省咨议局反对邮传部“轻率以命令变更法律剥夺商民”的议案；奏请清政府要求铁路公司适用《商律》；支持浙江省咨议局陈请减少出口税以保护民族产业、挽回利权等等。
由此可见，地方准议会机构咨议局、中央准议会机构资政院的先后建立，为立宪的参政议政提供了合法性的空间，议员们的行动是在章程规定的框架内进行的，有力地促进了宪政改革的进程，也为在体制内有序进行政治改革提供了宝贵的经验。
朝庭定于1907年召开国会。政启在上谕中说，即行宪政，因“民智未尽开通，财力不敷分布，操之过蹙，或有欲速不迭之虞”。这些困难反映了当时的实际情况，不能一概视为政启拖延实行宪政的托词。
第三次请愿速开国会的结局，使中国面临历史的岔道口，或者朝庭与议员们双向妥协，按照预备立宪计划，通过渐进途径，实行君主立宪，逐步走向民主化；或者在斗争中誓不妥协，一拼到底，其结果不是你死我活，就是两败俱伤，立宪政治或成泡影。
政启宣布1907年开国会时，民主党从策略上多作考虑，暂停请愿，积极做好准备迎接它。
但是，刘飞扬已不愿再等了，他认为此时的清王朝已经无可救药。而且在1906年后，年轻的政启皇帝越发感到焦虑不安，由原先支持民主党立宪渐渐的转向保守，并且越来越依靠保皇党少壮派。刘飞扬对局势的发展也完全失去了耐心。
与此同时，民主党内的一些人也转向激进，他们从政启设立皇族内阁后就对君主立宪是不是还能成功表示怀疑。
民主党中的绝大多数人相信，只要有了一个立宪国会，一切都是可以办到的。
杨度则被当时的主流舆论认为是对宪政理解得最为深刻的理论权威。杨度认识到君主立宪国家的宪法，以英国的民主程度最高，德国次之，日本最低。他把这种差异归结于人民力量的大小、君主让步的多少。而最为根本的区别在于国会召开的早晚。所以他主张速开国会：“必有国会，而后国民有提议宪法承认宪法之机关。始可以国民之意思另加之于宪法范围之内，乃可望宪法程度之高也。”
杨度直言：“假使人人起来力争开设国会，俄国亦不足虑，直可成为德国。”他宪政理论著作《金铁主义说》影响深远，为他自己也为君主立宪学说赢得了大量的信徒，这些追随者基本上是当时社会的中坚力量。
但是他们忽视了这样一个事实：在西方社会，立宪制度是在商业社会成熟和各派政治力量（包括体制内外的力量）充分妥协的基础上自然生成的。体制创新虽然可以促进民主制度的发展，但是也需要有一定程度的现实依托，而在立宪期间，人们更为关注它的人为设计因素，认为一个社会和国家只要速立宪政，就会立刻达到国富民强。在这个意义上，民主党中有不少人与康有为的想法不同，比他更为激进。
官僚层中也不乏有人持有这样的迫切心境，工部员外郎刘桪的奏折颇有代表性，他是以德国的强国之路作为论据：彼则仿效良法，急取直追，不遗余力。我则审慎迟回。兹所以一有效，一无效也。我国每举一事，必曰试办。若宪法者，英国行之有效，德国师之而亦有效，圣人复起不易斯制，但当实力奉行，不必故为尝试。譬诸病症已审，方书已具，药力一到，沉疴立起。亦何容稍事疑畏以自误乎？
如果不察发此言论之人的身份地位，单从内容来看，这无疑是一位激进者的主张，他认为立宪政治是放之四海皆准的行政体制，如果再耗时预备试用，简直是贻误战机，朝廷应该当机立断，就可以药到病除。