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在1904年11月，商部为监督各省各段铁路建设，提出设立路务议员，在此之前制定了《路务议员办事章程》12条，分发各省督抚，希望能得到配合。商部设置路务议员是为了统一全国铁路建设，其重点是控制财权与用人权。这一设置危胁到了作为兼任全国铁路督办大臣的刘飞扬的反对。这一设置必将受到督抚们的抵制。
刘飞扬在接到章程的第二天，就将反对意见呈奏。奏章中对章程进行了逐条地反驳。
袁世凯在奏章中提出政治改革、新机构设置带来的权限划分问题。他认为国家设官任职，关键之处在于划清“立法、行政”两类机构的权限：内而各部皆为立法之地，此中央之所以集权；外而各官皆为行政之人，此地方之所以寄治。
刘飞扬强调，在当时的情况下，中央各部与地方各省之间，在推行政务的过程中，应该通过各部首脑与各省督抚发生往来，中央部堂的意见不应该越过督抚而通过直属机构联系。他警告说，如果中央蹴然间实行高度集权的手段，会造成权限不明，如果行政关系不够顺畅，则可能导致严重的后果，甚至“事堕法乱，而国危矣”！他特意明确说，他提出这个意见的初衷是“政体攸关，治乱所系”，无意与“部臣争事权”。
随着彼此之间裂缝的扩大，刚刚走向政治前台的保皇党少壮派由于缺乏政治资源，未掌握实权，而是在政治感情上造成了地方督抚更大的离心倾向，在实际利益上地方督抚的权力受到了侵蚀。同时，地方督抚权力在短时间内被削弱，在操作上也增加了政启推行新政的难度。刘飞扬与清庭的矛盾加剧，刘飞扬越发的表明出政治离心倾向。
在政启上台半年后，从刘飞扬控制的十二个军的新军中抽调出6个，交付新任陆军部尚书德兴阿亲自指挥，同时宣布各省新军统归陆军部掌管。尽管在表面上实现了军事中央集权，但是这种集权是极其脆弱的，因为铁良虽有治军之才，却并不能在短时间内获得新军中上层军官的支持，刘飞扬在军中的威望还存在着，新军中从上到下都是他一手培养出来的人。另一方面，政启对刘飞扬本人的过度排斥也激起了他的离心倾向和戒心。
1904年12月底，政启皇帝本欲以“跋扈不臣，万难姑容”的罪名，严惩刘飞扬。
载涛和载泽也从集权中央的角度出发，建议政启将刘飞扬严加处置：“此时若不速作处置，则内外军政方面，皆是刘飞扬之党羽；光绪一死，在刘飞扬的心目中已无人可以钳制他了，异日势力养成，削除更为不易，且恐祸在不测。”
民主党的某些领导人因为在感情上不能容纳刘飞扬，也乘势煽动，康有为在《上政启皇帝》书中，请“杀贼臣刘飞扬”。
但是张之洞却极力反对，劝告政启不可感情用事——“主少国疑，不可轻于诛戮大臣”，请求允许刘飞扬辞职“致休荣养”。张之洞之所以能在入军机后与刘飞扬相容共处，并于关键时刻袒护刘飞扬，一因其二人都是在地方督抚的位置上崛起的汉族官员，是中央集权的重点削弱对象，有共同的政治命运。二因保皇党少壮派的崛起在客观上削弱了张之洞的政治影响，张之洞虽入军机，但徒拥高位。政启虽然在感情上希望笼络这位老臣，常以拟就谕旨使其复核，“然垂询之意，仅在文义之协否，而非事实之当否也”，一旦涉及实际操作层面的问题，政启并不尊重张之洞的意见，所以张之洞虽有所“谏诤”，但“孤掌难鸣”。
政启就惩戒刘飞扬之事还密电征询新军中的高级军官意见，两江总督第二军军长刘洪恩、东北总督第四军军长林镇伟的答复是：“刘有何错可责，若责刘，则先解除臣等职务，以免兵士有变，致辜天恩。”
政启最终于1905年4月2日以降下上谕：“军机大臣、直隶总督、北洋大臣刘飞扬，夙蒙先朝擢用，朕登极之后，复与殊赏，正以其才可用，使效驰驱，不意刘飞扬岳丈谭钟麟病逝，着即开缺，归家其忧，以示朝廷体恤之意。”
很显然，在上谕用语中政启十分慎重，这应是他权衡利弊后的决断。刘飞扬接到“归家其忧”上谕后，即向政启辞行，从京师返回上海。
政启受德国皇室策略影响很深，他曾亲眼目睹德国皇族从幼年时起，就身受极严格军事训练，他认为国势的强盛即源于皇室的强盛。但他身边支持者当中，除了载泽、端方等少数人外，都没有太多的政治经验。他在不待羽毛丰满之时，就迫不及待地向刘飞扬开了刀。
政启对刘飞扬的驱逐也为日渐高涨的革命派的反满宣传提供了又一个有力口实。
清代两百多年，满汉民族矛盾一直尖锐，加之政启上台后以打击刘飞扬为首要目标，因此，革命派常夸大民族矛盾在政争中的影响，把政启的集权政策归结为打击汉族势力，实行满洲贵族集权，把政争说成满汉之争。
其实，光绪政争双方多为汉族大臣，如1902年“百日政潮”时的瞿鸿禨、岑春煊和刘飞扬、康有为之争，而政启时期的政争基本上在朝庭中重臣间展开。满人集团内部也产生混战。载涛、载泽、善耆在对付刘飞扬时结成统一战线，但在政治利益面前，他们的分歧也愈来愈深。善耆虽然反对刘飞扬，但他对政治兄弟三人是极力敷衍，貌合神离，在宪政问题上与政治存在分歧，反对速开国会，设立内阁，对民主党也极力反对。德兴阿在政启上台之初对他十分倚重，但不久就将他抛弃。政启这样做出于两方面考虑：一是德兴阿在满洲亲贵中号称“知兵大员”，军中声望仅次于刘飞扬，既有才干，又有经验，若由他掌握军队，政启兄弟势必大权旁落；二是政启等认为德兴阿曾受刘飞扬提拔，与刘飞扬关系不一般，不去德兴阿，则刘飞扬势力依然存在，仍将永远把持朝政。在政启等人的排挤下，德兴阿只得托病辞去陆军大臣。载泽为保皇党有头脑、有胆识的干将，但亦与载洵、载涛不睦。
政启打击的对象既有刘飞扬这样的汉族重臣，又有奕劻、德兴阿这样的满洲贵族；既有阻挠立宪的蒙古人陕甘总督升允，又有玩忽宪政的汉人毛庆藩。依靠的对象既有载洵、载涛、良弼等少年亲贵，又有吴禄贞等大批汉族留英士官生。清末政争，不仅有汉族大臣参与，更有满洲贵族充当主力，政争的任何一方，都有汉人参与支持。因此，清末政争早已超过满汉之争的范围。参与政争的各派均为预备立宪的实际主持者。政启的保皇党少壮派主要人物都坚持立宪，如度支大臣端方、商部大臣载泽、陆军部大臣铁良。较受立宪派拥护的海军大臣载洵也与民主党暗中往来。论争双方的中心问题是自己一方在预备立宪中的地位，新内阁中的职位如何分配即为焦点。