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载振的辞职和瞿鸿禨被遭驱逐使满人势力和顽固势力的力量大为削弱。
刘飞扬在内政、军事和外交上的实力，改良派和光绪的关系，非顽固势力和满人所能比，瞿鸿禨、岑春煊和载振试图以鼓动政潮的方式，促使对刘飞扬限权，使康有为倒台，与当年慈禧的做法有相似之处，但结果只是反过来。
但是，党争消耗了改良派太多的精力，也进一步造成了改良派政治势力的分裂。一些改良派的人物对改革的信心动摇，再加上这时革命党的言论泛起，民众中也开始注意革命了。
这种内部争斗、倾轧，严重瓦解了清庭的统治力量，加重了它的统治危机。被时人称为“有学有术”的张之洞，当时就对此忧心忡忡。1902年12月，他感叹说“现在内患外侮，极为可忧，苟中外臣工仍以敷衍苟安为计，以倾轧排挤为能，恐安危之数，不在内乱之煽乱，而在政论之纷歧”。
这一时期的激烈党争不但未能给“新政”创造出一个安定稳固的政局，反而使海内外立宪派从对清廷的热切希望与赞称，一变为失望与不满，批评清廷“汲汲以中央集权为秘计”，《京报》1902年12月13日，《改革官制愤言》。大骂“政界反动复反动，竭数月之改革，迄今仍是本来面目”，甚至“公决密谋革命”，或“秘密会议，将以各省独立要求宪政”，使在野立宪派与清廷的政治裂痕发展到了前所未有的地步。
这就客观上有利于革命思想的蔓延。一些立宪派人求和平的改革不成，复受当时笼罩全国革命言论的影响，除了转趋同情革命，似乎没有更佳的选择。
虽然“百日政潮”以刘飞扬和康有为的两派获胜，瞿鸿禨、载振被排挤出局告终，但这场斗争其实是一场严重损害朝庭威信的政治斗争，改良派对立宪的信心减弱，地方和朝庭的关系进一步恶化，地方的实权人物越来越不听朝庭的号令。
远在武汉的张之洞对此很是洞察。就在“百日政潮”，改良派获得表面胜利一个月后，张之洞和端方被调入军机处。二人此前分别任湖广总督和两广总督，不但握有一方的军、政、财权，且能办理相当一部分的对外交涉，他们虽在朝外却可遥控中央决策。
军机大臣的职位当然要高于总督，但是他们的提升意味着他们不再能直接统兵。这两个统率除刘飞扬外，最强大的帝国军队的人，就这样明升暗降地被剥夺了权力。最后，在1903年初，袁世凯也被调入京，刘飞扬安排他接替辞职的载振，当任巡警部部长，这样刘飞扬又把围护国内治安的力量掌控在手里。
刘飞扬以明升暗降的方式将张之洞、端方二人调入军机，目的是削弱地方实力派。试图对二人阳为尊崇，阴实裁抑，以便其操控政局。而改良派认为张之洞一直是支持改革的，端方在满人中也是比较开明的，支持立宪。此两人进入中央军机，能提高改良派的地位，也能在朝中对刘飞扬进行制衡。
对此，无论是刘飞扬或改良派，还是张、端本人都看得十分清楚。
因此，尽管康有为、张之洞在立宪问题上微有不同，张之洞主张缓进，康有为主张急进，二人也确曾有过勾心斗角，互相龃龉，因而刘飞扬想预见的康、张二人将成水火之局，门户之争，但总的来说，二人是因利害相关而“深相结纳”的，因为不想见到刘飞扬一家独大。
张、端二人联袂入枢之后，能够做到与改良派抛弃前嫌，客观上也促进了清末预备立宪之发展。张之洞曾赋诗曰“射虎斩蚊三害去，房谋杜断两心同”，他把康有为和自己分别比作贞观明相房玄龄、杜如晦，可见二人在立宪问题上达成了默契。
在张之洞、康有为、端方的一手策划下，地方立宪派、改良派和满人势力开始联合，刘飞扬也不干预，预备立宪在政潮后的一段时间搞得有声有色，立宪进程开始加快：
（一）光绪二十九年（1903年）三月初五日，应亲王奕劻等人之请，改考察政治馆为宪政编查馆。
（二）同年四月三十日，派载沣及张之洞为资政院总裁，负责筹划该院章程及其有关事宜。
（三）同年五月三十日，着各省督抚均在省会速设谘议局，其各府州县议事会亦一并为筹划。
（四）同年七月一日，发布宪法大纲，议院与选举要领，及九年筹备清单。
自1902年底军机重组之后，清庭的《资政院章程》、《钦定宪法大纲》等一系列立宪文件相继颁发，从中央到地方的各级立宪机构相继设立，清庭立宪政治的步伐明显加快。张之洞、康有为也由此获得中国资产阶级立宪派的好感，他们在改良派的身上寄托着中国实行立宪政治的希望。
但是因为“百日政潮”的政治斗争导致改良派自身力量受损，满族亲贵的趁机跟进，则给预备立宪造成无可挽回的影响。
虽然载沣、载泽这些皇族少壮派也是站在立宪前台的政治力量，但是由于政治地位的不同，他们与汉族立宪派官员之间的裂缝将更加不可弥补。处于政治核心的立宪派力量的过度分裂则会制造更大的动荡。帝国的臣民从心理上对权贵出身的高层已经开始排斥，社会上革命的言论泛起。
1903年7月27日，清庭正式颁布了《钦定宪法大纲》，以及附属文件《议院法选举法要领》，并明确了五年预备立宪期限，即在第五年（即1908年）正式颁布宪法，并进行第一次国会选举，按此计划国会将于1909年召开。
光绪在上谕说道：“当此变革纷乱之秋，内外臣工同受国恩，均当警觉沉迷，扫除积习······所有人民应行练学自治教育各事宜，在京由该管衙门，在外由各省督抚，督饬各属随时催办，勿任玩延。”并严令“逐年应行筹备事宜，均属立宪国应有之要政，必须秉公认真次第推行”。最后说：“自本年起，务在第九年内将各项筹备事宜一律办齐，届时即行颁布钦定宪法，并颁布召集议员之诏。”“上自朝廷，下至臣庶，均守钦定宪法，以期永远率循，罔有逾越。”
此上谕要求官吏之严格实属罕见，反映了朝廷的决心和态度。