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4月25日，刘飞扬与日本首相大畏重信签订《京师协定》。协定规定：一、日本赔偿南洋联合舰队和北洋水师的损失三千万两，赔款由英美法三国担保，在7月份前付清。
二、日本不再支持清国的逆后，废除与逆后签订的所有条约。
三、清国的商品在日本免税，清国在日本的公司税率为日本本国公司的百分七十。
四、清国人在日本有领事裁判权。
《京师协定》虽然并不能让刘飞扬满意，但这已经是中国第一个对外国签的有利于自己的条约。
同时，六国调停团也承诺督促俄国不得支持逆后，在6月前，俄国从中国撤走所以的军队，并废除与逆后签定的条约。
4月27日，朝庭批准了《京师协定》。
此后，慈禧逃往俄国，国内的慈禧势力在刘飞扬和李鸿章的打击下，纷纷或溃败、或请降，观望的官僚也终于只能唯一的选择。
这个时候，光绪好像看到他可以号令天下，改良派渴望一施胸中抱负的日子好像也到了。
从6月起，光绪在改良派的计划和建议下开始进行“新政”。
“新政”的主要内容有四项，第一就是筹措军饷，训练新军。
编练“新军”是光绪和改良派“新政”的主要内容之一。朝庭对此要投入了巨大财力，花费了很大力气。1899年6月29日，光绪下谕全国停止武科科举考试；7月11日命令各省仿北洋、两江筹建武备学堂；9月12日下谕全国各省裁汰旧军，编练“常备新军”。编练“新军”的工作在全国铺开。
为了在全国推行编练“新军”计划，朝庭于1899年10月4日设立练兵处，任军机大臣、政务督办兼任两江总督刘飞扬，总理练兵事务，李鸿章为会办练兵大臣，载沣襄同办理。练兵处的实权为刘飞扬所掌握，淮军的控地的练兵事务由李鸿章掌握，而朝庭实际对“新军”并没有控制权。
刘飞扬下令各省设立督练“新军”公所，为各省领导编练“新军”的机构。刘飞扬计划在1901年9月前，包括南洋新军在内，全国练兵六十万，替代原有的八旗、绿营等旧军。同时，颁布了《陆军学堂办法》，新建广州海军军官学堂、成都陆军军官学堂、长沙陆军军官学堂、保定炮兵学堂、大同骑兵学堂，改造天津武备学堂等，并把南京原南京陆军军官学堂升级为陆军高级军官学堂。
1900年1月17日，刘飞扬提议把兵部改为陆军部，将练兵处并入其中。朝庭同意，并任刘飞扬为尚书，统一指挥全国“新军”。
变法的第二个内容就是振兴商务、奖励实业。
1899年6月27日，朝庭设立商部，倡导官商创办工商企业。接着，颁布了一系列工商业规章和奖励实业办法，如：钦定大清商法、商会章程、铁路简明章程、奖励华商公司章程、矿务章程、公司注册章程、试办银行章程等。这些章程规定，允许自由发展实业，奖励兴办工商企业，鼓励组织商会团体。这些章程和做法，都有利于民族工商业的发展，有利于社会经济的繁荣。
变法的第三个内容就是废除科举、育才兴学。
改良派推行“新政”的另一个重要内容是废科举，办学堂，派留学。1899年9月4日，朝庭命令各省城书院改成大学堂，各府及直隶州改设中学堂，各县改设小学堂，并多设蒙养学堂。10月5日，颁布学堂科举奖励章程，规定学堂毕业生考试后可得进士、举人、贡生等出身。1900年2月13日公布推广学堂办法。3月15日颁布《钦定学堂章程》。1900年6月13日又颁布《重订学堂章程》，详细规定了各级学堂章程及管理体制，以法令形式要求在全国推行。与普通学堂并行的还有专业教育，包括师范学堂及各类实业学堂，在学制上自成系统，一套完整的学校制度随之建立。1900年9月2日，光绪皇帝诏准刘飞扬、康有为奏请停止科举，兴办学堂的折子，下令“立停科举以广学校”，使在中国历史上延续了1300多年的科举制度被最终废除，科举取士与学校教育实现了彻底的脱钩。10月6日，清廷下谕设立学部，为专管全国学堂事务的机构。
朝庭在推行“新政”过程中，把“奖留学”与“改学堂，停科举”并提，要求各省筹集经费选派学生出洋学习，讲求专门学业。对毕业留学生，分别赏给进士、举人等出身。对自备旅费出洋留学的，与派出学生同等对待。为统一管理留学生工作，清政府分别在1900年10月14日和1900年10月22日派出总监督赴欧洲和美国。
变法的第四个内容，也是最难的地方，就是改革官制、整顿吏治。
改革官制是变法“新政”的一项重要内容，其中包括“裁冗衙”、“裁吏役”、“停捐纳”，对统治机构作了一些改变。1900年7月24日，朝庭撤销总理各国事务衙门，改设外务部，“班列六部之首”，任李鸿章为部长。1901年2月24日裁河东河道总督，其事务改归河南巡抚兼办。3月6日裁詹事府及通司归设商部管。1900年12月12日裁云南、湖北两省巡抚，由云贵总督、湖广总督兼管。1901年9月4日裁奉天府尹，由巡抚兼管；裁奉天府丞，改为学政。10月8日设警察部。12月6日设学部，裁国子监。除裁并增设行政机构外，朝庭还下令“停捐纳”、“裁陋规”、“定度支”。1901年9月19日，宣布停止报捐实官。
光绪和改良派推行“新政”，原想缓和国内矛盾，维持和巩固其统治。但实行的结果却适得其反。
首先，由于举办“新政”，朝庭允许地方自行筹款，而朝庭每年要向各省摊派5300万两，这些都以捐税的名目直接或间接转嫁到老百姓的身上，百姓不胜负担，自发斗争更为广泛。有的地方由“抗洋捐”发展到武装起义，使整个社会动荡不安。其次，“新政”虽然裁撤了一些中央和地方的衙门，裁汰了一些冗吏，但又出现了新旧机构重叠，如军机处和督办政务处、户部和度支处并存等。1901年7月，光绪的上谕也承认，实施“新政”以来，规模虽俱，而实效未彰。再次，由于“新政”的目的与施行后出现的新生力量的发展要求背道而驰，引起了顽固势力和改良派之间以及满人内部对待改良派的种种纷争。这就加剧了改良派与旧势力和满人之间的矛盲，也开始引起了朝庭内部各政治派别之间的斗争。
“新政“推行期间，刘飞扬紧紧抓住练兵、筹饷两项要政，奏请拨款1000万两，编成全国新军。同时，还担任参预政务、督办铁路等要职，他势力开始从两江和华北向全国扩散，羽翼遍布朝廷内外，其党占据要津，成为声势显赫，左右朝政，继曾国藩、李鸿章之后的大清朝的又一个权臣。