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中日在辽东和山东陆上大战之时，海上倒是一片风平浪静。
11月10日，山东日军投降，日本大为震惊，他们没想到台湾的刘飞扬居然出兵了。但日本大本营并不想战事就此终结。如果这样结束战争，清国虽败但并未大败，其实力未有大损。他们恐怕无法为日本争得巨大的利益，而且一旦以后又出纷争日本将与清国再次大战，以日本国力无法与清国长久的拖下去。因此他们决定将战事进行下去，日军全力进攻辽东，一定要把清国的军队彻底打败。甚至他们想攻入山海关，抓住清国的皇帝，逼迫他签订城下之约。
11月18日，日本决定再调本土仅剩的唯一的甲级第四师团和一个乙级第十一师团，开赴辽东。
但如何把兵运到辽东，日本大本营考虑，如果让联合舰队护航，必定要调离威海，这样北洋水师就可出海。而联合舰队护航时遇上北洋水师，即要与北洋水师开战，又要护航，两权不能相顾。因此，不如不要护航，把北洋水师堵在威海港内更为安全。
但也有人提出，在清国南方的新军既然已参战，那么台湾水师也可能入黄海寻战。参谋本部的次长村上操六则说，台湾水师现在还在台湾，并未闻其出海。只要我们隐蔽消息，临机起航，就算台湾水师闻之，从台湾出航等他们到黄海时，两个师团已上了辽东的岸了。
大本营认为村上操六言之有理，下令两个师团两万人开往到长崎，同时调集国内可以渡海的轮船到长崎。
12月14日，日本的两个师登船，驶向辽东。
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台湾水师从山东护航回到台湾后，一直未得刘飞扬出战的命令，水师官兵上下一片焦急。11月10日，传来山东日军投降了，水师更郁闷。新军打了大胜战，可水师却未有寸功，林德风多次发电给刘飞扬，要求出战。
但刘飞扬的回电都是两个字“待机”。林德风每次都看到这两字，只能苦叹：“待机、待机，这待在港里，什么时候才能会有机啊。”可刘飞扬不许他出战，他也没办法，只能让水师狠命操练，等待命令。
其实，刘飞扬让台湾水师待机是真的有机会。东风社一建立刘飞扬即令其在日本安插间谍，数年的苦心经营，今日一朝突显其用，何如章感叹刘飞扬先知之明。11月下旬，东风社在日本的间谍传来消息，称日军甲级的第四师团和乙级的第十一师团紧急调动。何如章让其密切探查其动向，同时他向刘飞扬报告此事。
刘飞扬判断日本是要增兵辽东，一个计划在他心中形成。日本曾经想突袭淮军增兵朝鲜的运兵船，现在他也可以以其人之道还制其人之身。他让何如章把日本国内调动的情报，时时事事必须向报告。
12月11日，何如章急报，日本的两个师团都已到达长崎，在做最后的准备，而且因为这两天海上风浪太大，所以没有起航。
刘飞扬得此情报欣喜之极，“天佑中华，天佑中华”，他马上发电给林德风。让其率台湾水师马上秘密出航，告知他日本的援军将在这两三日出海赴辽东。要他前往日本往辽东的航线，截住日本运兵船，一艘不剩的击沉它。然后，按原定计划攻击日本本土。
林德风得到刘飞扬电报，高兴之极，台湾水师终于可以出战了。他马上下令水师准备出动，此次台湾水师几乎是全舰出动。
两艘8千吨级的装甲舰，定海舰、镇海舰。两艘台湾造船厂自己出厂的3千吨级的巡洋舰，狂涛舰、巨涛舰。六艘2千级的驱逐舰，统清舰、一清舰、江清舰、山清舰、万清舰、年清舰。炮舰四艘，鱼雷艇四艘。
如此强大的水师实力在亚洲国家中当之无愧是第一，就是与英国的远东舰队也不相让。
水师准备出战的同时，林德风也让由铭字营改编成的三千海军陆战队立即赶到军港。军港警卫队必需严格封锁港口，同时不能让任何人接近到看见港内的地方。
当天夜里，台湾水师装上海军陆战队，巡逻艇清完航道，警戒海域，台湾水师驶出港口。
两天后，台湾水师到达黄海，趁着夜色，水师隐藏到朝鲜的济州岛的西面。
12月15日上午9时许，一队船从日本方向正要穿过济州岛和朝鲜之间的海域，林德风下令镇海舰协同一清舰、江清舰、山清舰和两艘炮舰组一分队，绕过济洲岛抄了日本运兵船的后路。
9时30分，林德风下令水师主队驶出济洲岛，拦截日本运兵船。
9时50分，日本运兵船队突见前方迎面行来一支舰队，初始以为是日本联合舰队前来接应。不过，没有几时，他们就看见对面军舰上高挂的是清国龙旗。船队上下一片恐慌，他们所乘皆为民船，遇上军舰好无抵抗之力。船队马上掉转船头，但台湾水师的舰船皆为新船，航速远比民船快的多。
30分钟后就追上的了日本运兵船的船队，而这时，台湾水师的分队军舰从南面横插过来。
日本运兵船的命运可想而知，二十六艘日本运兵船在两个小时内皆被击沉，哪怕他们树白旗也无用。刘飞扬早已下令林德风不许他要一个战俘。
13时，济洲岛东侧海面飘满了落水的日军官兵和尸体。在此时节，一个人落水二十分钟内无人救其上船，必将冻死。
台湾水师击沉了日本运兵后，两队聚合，往东驶向日本本土。
此时，日本完全不知运兵船队已被击沉，他们还在等着运兵船到达辽东的电报。
16日，日本大本营没有等到运兵船到达的电报，却等来了长崎遭到清国水师轰击的电报。
台湾水师经过二十个小时的航行，于16日上午到日本长崎港外。
长崎日本海军的军港之一，长崎也是日本经济最发达的地区之一。它是日本最早开化的地区，也是日本的工业重镇，按刘飞扬的计划，台湾水师攻击日本将主要攻击它的军工企业、工业区和人口稠密的沿海城市。
台湾水师对日本的攻击以海上攻击为主，必要时可以让陆战队登岸。当台湾水师抵达长崎港外时，就对港内的舰船和岸边炮台进行轰击。
水师的攻击并不只是眼睛看到的，林德风手里有长崎详细布局图。他不知道刘飞扬怎么会有这么详细的日本地图，但是他知道图上用红圈标出来的皆为轰炸目标。
面对台湾水师的突然攻击，日本显然缺乏准备。长崎岸上的几座炮台遭到轰击，直到二十分钟后他们的炮台才打出第一枚炮弹，这也是唯一的一枚。这枚炮弹打出后，炮台就遭到水师猛烈轰击，炮台上的岸炮被炸成两断，飞出二十几米远。
炸完了炮台和港内的船舰，林德风下令三舰开进港内，按照地图所标红圈用台湾自已造的燃烧弹轰击。
在长崎的炮击持续了一个多小时，之后水师离开长崎。长崎此时已面目全非，到处都燃着汹汹大火。