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对于这样一个被人尊敬的人物居然是间谍，使东风社大为震惊，原以为自己对付的只是一些民间团体，而真正的日本军方间谍藏的如此之深，能量如此之大，让东风社觉得对日本间谍的防范远未完成。
一个能探知朝庭最核心机密的人，让何如章坐立不安，他觉得一定要把此人除去，否则一再清日开战，后果将不堪设想。
何如章向刘飞扬汇报了此事，刘飞扬感到深深的无力，朝庭对日本的间谍防范千疮百孔，自己根本无法改变这种局面。于其这样苦于应付不如主动出击，也获取日本的情报。因此否定了何如章对付神尾光臣的安案，利用已知的日本间谍获取日本的机密。
但是现在离甲午与日本开战时间不过半年，要想获取日本大量的情报、核心的情报，唯有获取日本的电报密码。
刘飞扬马上安排在台湾的两个德国数学家，让他们领导一组对日本的密电进行分析，组织代号“闪光点”。他们首先对日本的密码进行一次“钓鱼”。
台湾水师向朝**报台湾水师的舰船、装备、训练，一份非常详细的报告。军机处的章京李同和见到此报告就密抄了一份，送与神尾光臣。神尾光臣见到这份报告，十分欣喜，马上让上阳成知翻译成日文，用密码发回日本。
当时还没有无线电报，密电都是各自译成密码后交电报局拍发，各国皆然。当神尾光臣将密码电报送交电报局时，东风社照例抄录了一份副本。“闪光点”拿着上阳成知送的日文本的报告，略加比对，日本的密码便显出了原型。
刘飞扬获得了密码，日本与暗藏在国内的间谍之间的密电均被破译。
但刘飞扬并不准备使用这难得掌握的密码，来抓捕日本间谍，对它只是被大材小用，而是等到战争时利用，获取更有用的军事情报，使自己能掌握日军动向。
而日本人对密码泄漏却毫无觉察，整个甲午战争中甚至战后一直未改密码。
1894年的钟声敲响，这一年是农历甲午年，这一年也是中日国势见分晓的一年。
从春节一过，刘飞扬就下令台湾陆军军官学堂、台湾海军军官学堂的所有学员一律停止学习，加入军队，陆军、海军一律整军备战。
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而中日战争的导火线，还是按着他历史的脚步，一步一步的发展下去。
在“数千年未有之变局”的严峻的国际形势下，朝鲜封建地主阶级却没有吸取在19世纪中叶清王朝和日本在与西方列强战争中被击败并被羞辱的教训，依旧横征暴敛，不思进取，致使人民生活日益贫苦，不得不在水深火热之中挣扎，当时朝鲜有一首广为流传的歌谣“金樽美酒千人血，玉盘佳肴万姓膏。烛泪落时民泪落，歌声高处怨声高”，正是这种现象的真实写照。
在国内阶级矛盾和朝鲜民族危机的双重作用以及东学道的传播和全琫准等仁人志士的积极推动下，在朝鲜国内起义的爆发就像一个缺乏导火线的炸弹，一旦导火线具备了，势必引起剧烈的爆发，而朝鲜的全罗道地方政府压榨百姓的行为就是甲午农民战争的导火线。
全罗道古阜郡守赵秉甲是个有名的贪官，巧取豪夺，农民对他恨之入骨，不满与反抗的情绪弥漫，随着全罗道古阜郡1893年12月的万石洑水税事件发生，一场轰轰烈烈的农民起义爆发了。
1894年2月20日，经过五天的准备，古阜、泰仁上千名农民在当地东学道首领全琫准、崔庆善等人的率领下，蜂拥向衙门冲去。群情激愤的人们高举着鸟枪、长矛、大刀、铁叉、锄头、木棍，有人把平时供在厅堂里的祖传宝剑也拿了出来。赵秉甲闻讯，吓得屁滚尿流，赶紧逃走。
4月底，东学军占领白山，以其为大本营。全琫准被推举为总司令，自称“绿豆将军”，金德明为军师，两个大将孙华仲与金开男各领一军，兵锋直指全罗道首府全州。
5月7日，全罗道观察使金文铉派250名全罗监营兵和1000多名雇佣的褓负商进攻白山，企图将起义扼杀在摇篮中。东学军在全琫准的指挥下成功击退了官军，迫使其退守全州城。
官军被东学军打败的消息传到汉城，朝鲜统治者惊恐万状，朝鲜国王李熙急派京军壮卫营正领官洪启薰为两湖招讨使，率800名士兵携枪炮弹药乘坐清朝北洋水师的平远舰和苍龙、汉阳两火轮从海路开赴全州，又命200名京军从陆路攻打东学军。
洪启薰在南下途中先向东学军发出招降书，威胁利诱。但全琫准不但拒绝投降，还率军偷袭灵光县，生擒守城军官黄万基。洪启薰一看招降不成，决心用武力镇压。他的部队经过新式训练，是当时朝鲜唯一配备西方新式武器的军队。然而此时洪启薰率领南下的800名京军，一路上士气低落，军心涣散，开小差不断，到5月11日抵达全州城时，只剩下470余人。洪启薰感到东学军声势浩大，便密奏国王，建议借外国兵镇压。朝鲜高宗害怕引狼入室，不敢轻易借兵，只派黄宪周督带300名壮卫营士兵与500名江华火枪兵支援。
援兵还未到达，两军已在长城郡月坪洞交火了。全琫准采取避实就虚的战术，不与官军正面交锋，拖着官军从灵光到兴德，从兴德到咸平，然后转进长城郡。东学军在城南月坪洞扎营。官军长途追击，疲于奔命，士气更为低落。
5月24日，洪启薰率军追至月坪洞，只见丛林密布，郁郁葱葱。洪启薰害怕埋伏，便先派小部队试探虚实，自己躲在后面观察动静。官军哆哆嗦嗦地走进树林，只听喊杀声起，吓得回头就跑。洪启薰一看，从林中冲出的东学军老的老、小的小，大多拿着大刀、长矛。他顿时壮起胆来，跳起来大叫：“冲上去!”官军无奈，只得掉头冲锋。东学军却仿佛不堪一击，纷纷逃散。这一下洪启薰意气风发，指挥官军全力追击。不料，追入树林后，无数的东学军从四面八方冲了出来，顿时杀声震天。官军猝不及防，大败而逃，武器扔得满地都是。官军伤亡200余名，洪启薰抱头鼠窜。此次大战，东学军大获全胜。
东学军乘胜进军全罗道首府全州。5月31日，东学军占领完山，逼近全州，以缴获的野炮向全州城内轰击。此时，全州的军队全部被洪启薰调走，城内无兵驻守。6月1日全琫准率军入城，占领全州后，忠清道和庆尚道的东学道徒群起响应，东学军控制了朝鲜南部三道。不久全朝鲜各地的东学道徒也纷纷揭竿而起，东学军规模空前盛大，已席卷了朝鲜全国五分之三的土地、拥有十多万武装力量了。
东学军占领全州后，洪启薰曾多次猛烈炮击全州城，东学军抵挡了官军的攻击，战事陷入胶着状态。面对声势浩大的农民起义，朝鲜政府无力镇压，一面急忙向宗主国清朝求援，于是清政府派遣叶志超和聂士成率淮军精锐2500人于6月6日左右陆续在忠清道牙山登陆，准备镇压东学党起义；一面将金文铉、赵秉甲等人革职查办，任命严世永为三南招抚使，金鹤镇为全罗道观察使，向东学军求和。
东学军领袖全琫准等人鉴于继续对抗会引起外国武装干涉，便同意和朝鲜政府谈判。