I区地下城受到不知从哪儿来的异兽攻击，地下城再一次受到了重创。人们再次活在恐惧之中，深怕异形再次出现肆意妄为残噬人类。因此，I区不得不严查地下城各个角落，就像预防瘟疫一样一有风吹草动立刻隔离观察甚至绞杀异形附体的宿主。
但要彻底消除异形，最根本的解决方法只有一个……找到源头和异形的幕后操纵者，但一切又是那么的毫无头绪。就如008,他是异形进化而来，可他自己也不清楚自己来自何方，异形是怎样形成的。
008接受了华将军的任命，他的任务是查出米舍尔将军死于何人之手，异形的出处到底在哪儿。
008挑选了我和尤里加入调查小组，在工作中，尤里情绪非常低落而容易产生过激的行为。尤里的家人都在这次异兽侵袭中丧命，因此他在悲痛很想尽快查出异形的幕后黑手，然后他会以牙还牙的方式以泄心头之恨。
克拉克博士的异常行为，让我们不得不把他定为主要的调查对象。但克拉克博士疯了，不管是真疯还是假疯都对调查带来难度，他不配合或者说他假装疯癫不想配合。尤里性格变得暴躁，几次差点就要对克拉克博士动手打他。
最后一次我们把克拉克博士带过来审询时，他表现得异常平静，再不会做出疯癫的样子，两眼发愣似的站着，脸部僵硬没有一点表情，不管008如何问他，他都站在那儿一动不动，就像死去了发硬直挺着的僵尸。尤里一时又情绪激动，再也顾不了008的阻挡狠扇起了博士的脸起来。博士的头被尤里扇着一直在是，既不喊痛也无痛苦的表情，就像一具木偶脑袋晃着。其实008一直就有采取这种方式的想法，只不过自己在强忍着，他对死去的米舍尔将军就严刑拷打过，因此他默许了尤里的过激行为。
008似乎感觉到了有什么异常的地方，他从一名GX7手中接过一把自动步枪来，然后对准了克拉克博士大喊道：“混蛋，你受死吧。”
我被008举动吓了一跳，忙过去阻止道：“008,你这样会受到基地处罚的，不可再杀人了。”
008用力把我推了开来，狰狞的一张脸朝克拉克博士开了几枪，但都故意打空了。克拉克博士僵硬的脸突然有了变化，露出了受到惊吓的表情。008注意到了克拉克博士的表情，他立刻用枪瞄准了克拉克博士左手臂开了一枪，激光正好擦伤了他的一点皮肉。可就一枪，克拉克博士脸部抽搐了一下，但让大家感到意外的是，克拉克博士的脚底吱溜地流出一滩白色液体出来，然后慢慢地凝聚……
我惊喊道：“异形，异形现身了。”
“开火”008大叫。
站在一旁的GX7机器人战士立刻齐枪猛射，把刚刚成为人形的异形烧灼着燃烧起来，异形痛苦地在“吱吱”的叫唤声中烧成了灰烬。再看克拉克博士，他两眼一翻往后倒了下来，“咚”的一声倒在地上。008上前摸了摸他的颈部动脉，然后向我们摇了摇头说：“他死了，身体冰冷，他应该死了几天了。”
“这怎么可能，刚刚不是还活着站在这儿吗？”我惊讶地问道。
“他早已被异形灭口杀了，我们看到活着的博士其实是被异形附体了。”008答道，然后一脸消极的表情又说，“现在克拉克博士一死，米舍尔将军的被杀之谜可能就更难查得到了。”
“刚才你是怎么知道克博克博士身体里有异形附体的。”
“直觉，对同类的第六感觉。要想逼它们出来，只有用一种方法……做出杀死它的样子，异形看到了危险，它也想逃之夭夭的。”
尤里这时一拳砸在桌子上，极为愤恨地说道：“该死的异形，我一定要见一个杀一个。”
我朝008看去，008和我对视了一下，尴尬地笑了笑，我们心里谁都清楚，008也是异形所变，只有尤里不知道而已。
克拉克博士一死，把查找异形的一切线索都给切断了。
然而，米舍尔将军和克拉克博士相继被神秘地灭了口，A区GX8却连线了I区，他近乎猖狂地表示：“愚蠢的人类，我再也不用躲进屏蔽密室了，不受任何人控制了，你们就等着我们神勇的战士踏平你们的I区了。”
虽然线索断了，但GX8的猖狂，让我们不得不相信米舍尔将军和克拉克博士和异形还有GX8的反叛是有着极大关系的，他们应该是这些阴谋中有着千丝万缕的重要级的人物了。GX8有可能反叛是米舍尔的授意去占领A区，然而GX8的野心导致了米舍尔的失算占领了A区再也不听他的使唤了。但GX8畏手畏脚的不能与I区对抗，极有可能有个大的智库还能远程在某种程度上能控制他。现在，米舍尔将军神秘被杀，那个能控制GX8的智库一时又无人可知了。
一切更是变得匪夷所思，迷雾重重的了，更可怕的是，在整个I区还不知道还有多少个异形隐藏在人们的身边，他们随时都能危害到I区的安全。我在008那儿了解到，附体在人身上的异形，它能脱开附体宿主成为独立人形物还能隐身逃跑的更具有超级攻击力，因为它们拥有超强智慧和狡黠的邪恶心灵，而这种邪恶的目的只有一个，绞灭人类取而代之。
A区GX8发来挑战，他向I发来了视频，视频中GX8秀出了他们A区这段时间制造出来的新型铁甲战士，这些铁甲战士，左手持盾，右手持着激光枪炮。GX8表示，只要I区痛痛快快地伏首投降，A区就不会武力解决危及人类的生存。
I区陷入危机重重之中，外有GX8的威胁，内有异形的隐秘杀机，I区地下城随时都有可能土崩瓦解毁于末日战争之中，人类文明再次受到前所末有的残酷挑战。
I区地下城这种毁灭的恐慌情绪因此引来了混乱，人们对异形的猜忌引发了大量的社会不稳定，一有疑似附体的人类便会遭到同胞的肆意捕杀，然后一把火把死者烧成了灰烬。当然，被杀的人类当中其实有些还是被异形附体了的，但被误杀的人类是占大多数的。
华将军被弄得焦头烂额，GX8的挑战，明中可以预防对抗，可异形在暗里却是无法去消灭他们的。I区的恐慌和混乱，只有找到对付异形的方法才能平息，可用什么样的方法才能解决呢？
华将军找来了科学界的精英召开了一次会议，通过大家的探讨发现，GX7机器人战士没有一个被异形附体过，只有部分人类和A区的GX8的机器人战士能够被异形附体。这些资料显示，异形还是有其某种弱点，只有找到这个弱点人类才可以暂时个体“免疫”不受侵害，同时还可以绞灭已附体变异的人类以绝后患。但异形的弱点是什么呢？大家通过讨论，发现导形应该是一种超级的大病毒，这就是它们的弱点了。大家开始参照几世纪以前发生过的几大瘟疫的治理经验，是否可以研制出一种“免疫”异形的“药品”。
方案有了，精英研究组也有了。过了几天，不愧是科学界的精英们找到了方法，他们捕获了一个被异形附体的变异人，然后送进原子机治疗，变异人立刻恢复了原有的思维，不会去抓人咬人了。
这是一个突破性的成果，I区的人们一时欢呼喜跃。华将军长久以来的积郁一时舒展了开来，但为了严防异形大面积的暴发，他还是严令I区的人们和战士密切注意可能有异形附体变异的人类。
也许异形不能再兴风作浪了，可GX8的挑战摆在眼前。华将军似乎并不太在意，他认为铁甲战士并不可怕，激光武器随时都可以歼灭它们。