袁世凯驾崩的次日午夜，两列军列进入京城停靠在站台上。葛云飞接到段祺瑞的电报，立即在济南动身。到达德州后命令整装待发的第一军，沿着铁路线向京城开拔，另外第1军抽调一支加强旅已经在列车上待命，随后葛云飞率领近卫旅乘车率先向京城开拔。此时，站台上上军警林立，总长段祺瑞、杨度在站台上迎候。葛云飞一身戎装，并在众将官和侍卫簇拥下踏上站台。
全副武装的士兵，在口令声中跳下火车。经过战火严峻考验的士兵，敏捷中充满杀气，令人胆寒。“葛将军，终于把你们盼来了，你们的速度很快呀！”葛云飞分别于段祺瑞、杨度握手道：“总长，我率领第一旅先期到达，第一军主力沿着铁路线向京城开拔，大约3日后到达。”“葛将军，既然如此，就按照我们的计划开始行动，我已经命令禁卫师在军营里待命！”
葛云飞挥了一下手，一名彪悍的军官上前。“翟旅长，带着你的人迅速控制京城，对于暴乱者严惩不怠！”“属下尊令！”不久，一行人到达陆军部。陆军部内，不少将官见葛云飞突然出现，异常震惊。段祺瑞威严道：“袁大总统离世，为了保持国体稳定，葛将军不计前嫌，亲自率部来京稳定大局。在这非常时刻，希望诸位以大局为重，不要作出亲者痛、仇者快的事情。
葛云飞道：“诸位，对日作战我们取得了伟大的胜利。本人以民族大业、国家为己任，绝不能让胜利的果实付诸东流，为了国家政权平稳过渡，鄙人受段总长等邀请，前来京城相助，希望各位配合。袁大总统，虽然在反侵略问题上软弱，但是他在推翻满清、建立共和的大业上是有功的。因此我们要风风光光让袁大总统入土为安。”众将官闻听，忐忑的心情安稳下来。
“段芝贵！”“到！”京城卫戍司令段芝贵应答。段祺瑞接道：“命令你的部队，一律在军营里不需外出，否则格杀勿论！”“是！”段芝贵见葛云飞满脸杀气，内心忍不住慌乱。葛云飞道：“鄙人率领第1兵团第一军已经到达京城，目前第1军主力驻扎在城外，所部一个旅进城维持持续，希望各位密切配合，否则别怪我不讲情面。”葛云飞撒谎说第一军已经在城外待命，目的是起到震慑作用。
杨度道：“葛将军回归民国，乃民国之幸事，民族之幸事。葛将军巨大的声望，将助民国政府顺利移交权利。葛将军入主京城暂时不对外宣布，避免不必要的麻烦。目前各地督军、省长正在赶往京城，参加大总统的葬礼。待袁大总统的葬礼结束后，再隆重宣布葛将军回归民国政府。”一夜之间，京城的各个要害部位，出现了身着新式军装的士兵站岗，京城内的人却浑然不知。
时任副总统黎元洪的宅院，一大早属下慌忙跑进来禀报：“大人，昨天晚上段祺瑞迎接葛云飞入城，目前城内已经被葛云飞的部队接管！”黎元洪闻听一惊道：“段祺瑞动作好快呀，没有想到居然于葛云飞勾搭在一起，他是想当大总统哇！”“据说葛云飞率领一个军到达京城，一个旅已经入城，并控制了各要害部门。”“葛云飞的部队是得胜之师，王者之师，得葛云飞者得天下，我们只好认命吧！”
“报告！段总长，葛将军、杨参议员求见！”黎元洪闻听一愣，急忙更衣迎客。众人皆知，段祺瑞于北洋军有人脉，黎元洪于“南洋军”有人脉，二人都是继任总统的不二人选。按理说黎元洪作为副总统理应即位，可是葛云飞作为华夏大地最重量级的人物，毫无疑问站在段祺瑞一方。识时务者为俊杰，黎元洪很明智第一时间决定妥协。
宾主寒暄落座后，黎元洪主动道：“黎某不才，对于葛将军在国民政府危难之时，不计前嫌，回归国民政府稳定大局，彰显出葛将军一颗拳拳爱国之心，黎某深感敬佩。请葛将军放心，黎某以天下苍生为己任，绝不会有非分之想。”“黎大人的品德天下皆知，葛某十分敬重。常言道：国不可一日无主，在这危难之时，我认为段总长出任国民政府第2任总统最合适，黎大人意下如何？”
二选一，黎元洪十分清楚，没有商量的余地。“葛将军的提议，黎某没有疑义，段总长人品高尚，完全可以胜任大总统一职。”段祺瑞站起来推辞了一番，葛云飞果断道：“段先生，担此大任是众望所归，请不要推辞。我建议黎大人仍然担任副总统，你们二位意见如何？”段祺瑞和杨度一致赞同。黎元洪推辞，葛云飞当仁不让道：“为了共和大业千秋万代，就这么定了！”
葛云飞接道：“希望你们二位抛去政见，精诚团结。目前我们正面对强大的日本军国主义和世界列强，因此，权力过渡一切从简。有道是乱世用重典，关于继任总统等官员任命，参议院议政的程序就免了，如果有非议我来承担责任。”“黎先生，我建议葛将军出任陆军总长！”杨度提出建议。“葛将军出任陆军总长，乃民国幸事、众望所归，黎某没有意见！”
黎元洪虽然有些失落，但是也没有失去什么，自然可以接受。3天后，第1军主力浩浩荡荡到达京城，并举行了隆重入城仪式。一支打败日本侵略者的威武之师，让谣言满天飞的京城归于平静，尤其是民族英雄葛云飞率部回归民国政府，引起了民众欢迎的浪潮。随后，黎元洪以副总统的身份，主持军政首脑会议，首先隆重宣布葛云飞及山东独立中队回归国民政府。
在热烈的掌声中，他继续宣布段祺瑞继任国民政府第2任总统一职。随后，进行了简短的总统继任仪式。仪式结束后，新任总统段祺瑞郑重宣布两项任命，其一，黎元洪继续担任副总统一职，任命葛云飞就任陆军总长一职，同时宣布为袁大总统举行隆重的国葬。”葛云飞其麾下强大的军事实力，如同一鸟入林，百鸟压音，即便有人此心存不满，也只能私下发泄。
袁世凯的葬礼办的风风光光，并根据袁世凯生前个人意愿，灵柩运回老河南老家下葬。一个暂新的新时代开始了，而且是在反侵略战争的凯歌声中开始。葛云飞回归国民政府，绝大多数人认为是国民政府的福音，但是少数人认为葛云飞有野心，无非是利用强大的武装力量，借以达到自己的目的。葛云飞对于这种论调置之不理，接下来他要马不停蹄整合国民政府的所有军队。
袁世凯葬礼后的次日，葛云飞以陆军总长的身份，召开了陆军总部会议。在座的将官主要是以北洋系为主，葛云飞面对众将官道：“诸位，我现在郑重宣布，国民政府陆军总部更名为国防部，主要职责是负责国家的安全、对外反侵略战争，对内安定大局。我在重申一边，国民政府所有的武装力量，归国家所有，任何人不能以任何名义拥有自己的军队。如果有人胆敢置若罔闻必除之。”
葛云飞面对众将官继续威严道：“正人先正己，我首先承诺，山东独立纵队将改编成为国民政府中央集团军。段总统授权，为了国家的安全和内部的稳定，组建中央集团军，南方集团军，西北集团军，东北边防军。现在我来任命国防部及各集团军主要将官的人选。任命蒋方震为陆军次长，任命王士珍为陆军总参谋长。组建国民政府空军部队，空军部队直接归国防部指挥，任命丁不凡为首任空军司令。”
“任命朱明为国防部直属炮兵司令官，拟组建第4炮兵师。任命郭秉晖为国防部装备部长，任命萨镇冰为海军司令官。济南兵工厂，济南炮厂、济南飞机制造厂，青岛飞机制造厂，武汉轻武器制造厂，上海兵工厂，一律并入国防部直接管辖。中央集团军组建三大兵团，外加一支骑兵军。任命蔡锷为中央集团军司令官，任命何智为集团军副司令官，王坤为集团军参谋长。”
“任命王解放为第一兵团司令官，文彪为第2兵团司令官。任命吴佩孚担任第3兵团司令官，任命徐树铮为中央集团军骑兵独立军军长，中央集团军总部设在京城。组建南方集团军，总部设在武汉。任命冯国璋为南方集团军司令官，任命卢永祥为南方集团军第1兵团司令官，任命郭绪栋为南方集团军第2兵团司令官。组建西北集团军，总部设在兰州。任命华雄为西北集团军司令官，任命陈树藩为西北集团军第1兵团司令官，任命张怀芝为西北集团军第2兵团司令官。”
葛云飞接道：“组建东北边防军，任命张作霖为东北边防军司令官，任命孟恩远为东北边防军副司令官，东北边防军拟定4个军编制。下面请陆军次长蒋方震，颁布各军、师、旅长任命······。”由于张作霖、孟恩远私自扩军，二人没敢来京城参加袁世凯的葬礼。