却说洪荒上人族虽然免收饥饿之灾，奈何人族群集，多发病疾，此灾难无时无刻不在威胁着人族的生存。神农氏得知族人们不断的被病痛侵扰，甚为困恼。忽觉天数明晰，想来必是自己证道之机缘已至，于是神农决定亲自前去寻找使人脱离此灾之法，救命之方。神农将部落之事安排好之后便出门向大山深处行去，忽见天空闪来一道青光，落于神农面前，却是一根藤鞭，神农面向碧游宫之处拜了三拜，口称：“多谢老师！”遂起身继续向深山走去，一路之上但凡见到以前未曾见过的草木便用神鞭鞭打一下，看其有毒无毒，并将他们记录下来，等到晚上的时候便将那些毒草服下，检验其毒性的强烈，慢慢的神农发现各种毒药都有都有五行属性，有些厉害的毒药更是混含了数种五行之力，所以才毒性剧烈，神农察其寒、温、平、热之性，辨其君、臣、佐、使之义，慢慢的便可以用之解毒，还可以治病。
忽有一日，神农在石缝中找到一支开小黄花的藤状植物，其边散发寒气，少见生物，神农大奇之，遂用青鞭鞭打一下发现其中蕴含剧毒，想了片刻之后神农便把花和茎吃到肚子里以后，没有多久就感到肚子钻心地痛，好像肠子断裂了一样。神农大惊，立即查看周边是否有与之相克之草药，良久未得，此植物毒性甚重，周边难有克之之物。神农叹息一声，只道是天数如此，想及人族之灾尚未解决，自己却要身死如此，甚为叹息。忽见东方飞来一只青鸟衔一枚闪闪发光的药丸，落于神农口内，顺水而化入腹，将那草的毒性消散。片刻过后神农方才清醒过来，只觉神清气爽，低头看了一下自己的腹部，却见透明如清，此番却是神农研百草治病夺生死造化，该有一劫难。却是机缘深厚，得多宝求老子此以丹药和老子的丹书，炼得万毒不侵之身，得丹书以便更好的尝之百草，但是多宝却是染圣人因果。
神农看着手中的那棵黄花草，心想这种草吃下去肚子钻心地痛，如同肠子断裂了一样，且记之曰断肠渡过断肠之劫后，神农继续尝百草，将洪荒常见之物，不常见之物一一写进书中。神农在人族治病多年，研究无数尸体写下人体经脉穴道全图，在研究经脉穴位之时而且还把人体研究个透彻，也一并写在书上留于后人学习。神农写完药经后，开始研究药理为人族治病，由此神农一边为人族看病，一边研究治病之法写在药经之上。神农在位研究医理花去百多年,并和师父多宝道人一同研究，终是写成一书，名为《神农百草经》，药经出世的那一天，本来平静的洪荒世界突显异象。洪荒世界所有花草树木，突然间充满了生机而蓬勃向上，洪荒天地间的灵气突然变得非常的浓郁。普通人族沐浴在这浓郁的灵气中，有伤病迅速恢复过来，没伤病的身体精力也都变得非常旺盛，而修道之人这是疯狂的吸收这浓郁的灵气用以增加修为，而仙人们则是感悟着天道突然的变化，许多大神通者，皆是心有所感，一起看向了陈都方。
这时神农双手捧着两本书，举过头顶看着上天说道：“洪荒人族听令！吾乃共主神农氏！今著《神农本草经》，乃是吾十几年流历洪荒各地，尝遍百草之心得，可为人族治疗伤病，今借上苍之力传播于世，尔等当牢记，永传后世！”一时间天降功德金光笼罩神农，本草经内所著之草生植物接在金光中展现出来，接着金光散去，神农手上却只剩一本书，下半部却被天道收了去，只因神农所著本草经下半部有夺生死造化之能，不该现于世上，是故天道收去。神农见此只得长叹一声，将这药经上半部传授给人族，让人们知道万物的药性与作用。人族之内的一些人在神农那里学到不少医理，便开始学神农在人族四方走动，为人治病。至此人族疾病之灾便得解脱，神农氏因此修为加深。证道之机不久便要来临，却是需要寻找下一任共主了。
又有一个神话故事。
话说神农的女儿精卫感觉他爹不在家，没事干，无聊，就跑出去玩了。她一蹦子跑到东海玩，东海龙太子看到了，于是打算给她玩，可是一不小心把她淹死了，只是她福缘浅薄，且于圣人女娲人族圣母名字犯冲，犯了忌讳，所以该有此劫，只是她是人皇之女，并未死绝。女娃死后怨气太重，魂魄化为一只小鸟，天天叫精卫，还傻了吧了的衔石头填海。而且于这几章无缘的青石也出来玩了，因为他感觉于女娃有师徒缘。只是女娃怨气太重，青石用自己得的功德化解他的怨气并开启灵智，助其化形。只是精卫鸟化形为男的了，青石无奈的问他为啥，他就是说，因为只见开灵智以后只见师父一个人，师父是男的，我也化形为男的了。可是，你上辈子是女的啊。
且说这一日,乃是月历三月三日,天降异象。却是日月星转,北斗之星耀于姬水之畔。此处却是有一人族部落名曰有熊部落,部落族长名号少典。其妻夜梦北斗七星落于其腹,遂怀孕两年,这一日方才生下麟子。却说这麟子刚一出世,忽见天空划过一道光芒,落于屋外。却是阐教广成子来收徒了，广成子收徒以后便赐名轩辕，带到昆仑山上教导。
却说轩辕降世之时正是地府鬼门关大开之时，由此“三月三，关”这一庆祝鬼节的日子便流传了下来。且说西方二教主施展法力，将巫妖劫难时替代后土布十二都天神煞大阵的第十三个祖巫的精魂投到九黎部落里，诞生出一个惊天地泣鬼神的人物——蚩尤来。此乃是天数运转，合当是蚩尤与轩辕争夺第三任人皇，要不然也不会引起下一个量劫的产生。却说有熊部落里，轩辕自拜在广成子门下，便随在广成子身边学习。广成子授予轩辕玉虚门下修炼之法，带着轩辕修炼道体，平时则是教导轩辕兴兵之法，却是修道之人多不识治理之法，却对武力之举甚为精通，是以轩辕多学兵法之道，对于治理民事之法却有些缺陷。