崇祯九年七月九日，陕西。
“贺总兵！曹总兵前车之鉴，汝记否？千万不可轻敌冒进，不要离本抚大军太远。”孙传庭皱着眉头叮嘱贺人龙道。
没想到贺人龙毫不在意地挥挥手，说道：“巡抚大人放心，我老贺省得。您带出来的那些没褪毛的兵不济用，还是看我老贺在前方建功！”
贺人龙的话说的很随便，隐隐的带着对孙传庭的轻视。这些年贺人龙看到的无能文官太多了，他早就失去了对文官的敬畏。所以对孙传庭这位新上任的陕西巡抚，贺人龙是相当的不以为然。
孙传庭的眉毛一扬，可忍了一会儿还是压住了心中的怒火，他沉声说道：“那贺总兵就多辛苦了。”
其实贺人龙根本不象他外表表现的那样莽撞，他也在观察着孙传庭的神色。不过在听到了孙传庭的话以后，贺人龙心中忍不住轻蔑地一“哼！”，然后拱手说道：“那末将就下去准备了。”
看到贺人龙嚣张地离开，孙传庭的一位幕僚就再也忍不住了，他对孙传庭说道：“那贺疯子目无尊长，大人为何不严加处置呢？”
孙传庭的食指在大案上轻轻地敲了几下，回答道：“来日方长！”
此次农民军入河南以后，在各路明军的围攻之下连连受挫，所以在长期的战斗中，各营的农民军都损失过半。为了保存自己的实力，除了高迎祥、张献忠等营还留在郧阳与卢象升等明军缠斗以外，其他的各营农民军纷纷回到陕西。
首先就是九年正月，闯将李自成和满天星、六队、争功王四支共十三营，合计精骑数万，由西安地区经同官、宜君、宜川。绕到韩城，拟待黄河冰冻后转入山西。
由于这年冬季气温较高，河水没有封冻；山西巡抚吴甡又加强了防河兵力，所以农民军的入晋计划未能实现。之后此部农民军起营前往郃阳、澄城。
二月，洪承畴纠集官军二万拼命追击，李自成和混天星从澄城经韩城、郃阳、宜川、洛川、鄜州今富县、延安、环县、庆阳、固原一线而走。过天星、满天星部则由真宁、合水东入陕西高陵、三原地区。
洪承畴耽心省城西安有失，被迫分兵追剿。他自带一军返回陕西镇压过天星、满天星二部，让部下将领继续西追李自成和混天星。
洪承畴所领官军在中部县今陕西黄陵追上过天星和满天星。由于官军势大，过、满二部避而不战，向西开拔同李自成、混天星会合。打算进攻甘肃兰州。
洪承畴檄调左光先和甘肃总兵柳绍宗合击起义军于干盐池今属宁夏海原县。农民军大败，过天星即张天琳请求投降。明陕西巡抚甘学阔安插其部数万人于延安，不久又飏去复反。不过这也导致了甘学阔被撤职，孙传庭接任陕西巡抚。
可正当双方相持之际，二月初十日。宁夏官军士卒由于长期缺饷，发生兵变。巡抚王楫被杀。洪承畴感到一省长吏被杀。事态严重，亲自赶到宁夏固原去处理。李自成、满天星等部势力复振，趁机进攻陕北榆林、绥德一带。
五月，李自成、张天琳等部与官军作战于安定。官军大败，总兵俞冲霄被活捉处死，副总兵李成也被击毙。士卒被歼灭三千人。
可是当农民军乘胜进攻米脂时，不慎中了总兵贺人龙的埋伏，损失很大。又碰上大雨，无定河泛滥。不少农民军兵丁被洪水淹死，李自成、刘宗敏、张能等只剩下数百骑脱出险境。
就在这时，李自成的部将高一功带了一万多人从固原来，会师之后声势复振。李自成遂联合在陕北的其他各支农民军连续攻克延川、绥德、米脂。因为米脂是李自成的家乡，所以这次返里对当地群众是个有力的号召，李自成的亲朋故旧纷纷来投，使得他的实力迅速地恢复了。
因此可以这么说，先期回到陕西的农民军作战也是处于了下风。
而在崇祯九年的五月，见到愈演愈烈的农民军造反，朝廷的政策也有了一点改变。先是崇祯皇帝发布了大赦山陕胁从群盗的诏书，并且派出了奉命赍诏前往招抚的兵部职方司员外郎包凤起。
应该说，这个诏书在之后也起到了一定的作用，尤其是在农民军接连受到打击时。
而也是在五月，高迎祥部也难以在湖广立足了，他会合闯塌天、蝎子块部转入陕西兴安、汉中地区。而现在的湖广也只有张献忠这一营农民军在活动了。
由于高迎祥在农民军中名声卓著，他的部队的战斗力又最强，一场以围歼高迎祥部为主要目标的军事行动开始了。
河南明军在巡抚李仙凤的率领下，堵住农民军由陕西折回中原的路，而陕西巡抚孙传庭和三边总督洪承畴部官军，则充当围剿高迎祥部的主力。
而这时候的高迎祥部退入陕南山区之后，在荒山野岭无处觅食，人饥马乏。为摆脱困境，他决定走小路进攻西安，给官军来一个突然袭击。
但高迎祥选择的这条小路就是赫赫有名的子午谷。
在三国时，诸葛亮一出祁山时，魏延曾献策子午谷奇谋，就是要通过子午谷奇袭长安。而诸葛亮因为此计太险而否决了这个奇谋。当然，最后因为马谡失街亭而导致诸葛亮的一出祁山也失败了，之后就埋下了诸葛亮与魏延之间的矛盾，发生了等等等等的故事。
在后世，很多事后诸葛亮都说如果诸葛亮本尊用了子午谷奇谋的话，也许就会在一出祈山的时候一统三国了。不过从高迎祥的结局来看，说明诸葛亮的决定还是很正确的。没办法，诸葛一生唯谨慎嘛！
而孙传庭对此早有预料，所以他率领着贺人龙等部一万四千人，在闯王高迎祥必经之路——周至县黑水峪设置伏兵，准备以逸击劳。
可是贺人龙根本就是居功自傲，一点也不把孙传庭上任后编整出来的陕西新军放在眼里，导致了他与孙传庭的关系急剧恶化。只因为孙传庭需要贺人龙作为此次作战的主力，所以孙传庭才暂时忍住了这口气。
七月十五日，高迎祥领着部队果然到达了周至县黑水峪。孙传庭和洪承畴所部官军也跟踪而来，分别在十六日和十七日进抵周至，双方立刻展开了激烈的战斗。
身处绝境的农民军垂死挣扎，爆发出惊人的战斗力，于是在与官军的初战时告捷，击败参将李遇春部官军。
但是高迎祥部的处境却越发危急了。他们兵无粮草、身处绝地，整支部队的士气变得极其低落。
而这时候的洪承畴就施出招降的一手，对农民军进行了分化。而农民军中的不稳定分子乾公鸡张二、一斗谷黄龙等竟私下向总兵贺人龙接洽投降。
在第二天马召原的战斗中，他们利用雨后大雾，高迎祥下马张弓射敌之机，偷着把高迎祥的坐骑和部卒向南拉走。等到高迎祥发现这一阴谋时已经来不及了，只好脱下甲胄隐蔽在草丛里，不幸被官军俘虏。
高迎祥被擒的消息使明廷大为振奋，崇祯皇帝得意之极，令把高迎祥押解来京献俘，要陕西当局沿途拨兵严防，毋致疏虞。之后这位农民军的首领在běi 精城被凌迟处死。
而高迎祥的部下就由他的弟弟高迎登率领继续坚持战斗。但因军力损失太大，特别是失去了像高迎祥这样有威望的首领，士气大为低落。之后李自成被部将拥立承袭了闯王，终于成为了天下农民军名义上的总首领。
而随着高迎祥的被俘杀害，对于当时在陕西作战的农民军是一个重大的打击。首先就是掀起了一股投降风潮。当然，有的是真降，有的是诈降。
九月初，农民军的两位著名首领张妙手即张文耀、蝎子块即拓养坤由徽州和秦州今甘肃省徽县和天水市到凤翔，向明陕西当局乞求招安。陕西巡抚孙传庭亲自招抚，张妙手当场就率部投降，蝎子块也于次年三月至会城乞降。
而张献忠也趁机流窜到了襄阳以西，就地休整。他在襄阳江神庙立起一根五丈高的木杆，上系尺书大字于其杪，旗上写道：“吾欲见军门口话便事。”并送去书信一封。
而新上任的湖广巡抚苗胙土收到张献忠的书信，说是要见巡抚，惊喜异常。即刻派两位将官前往迎接，经过交谈，约定八月正式归降。苗巡抚信而不疑，又派出祝锡范等三人前往就有关事项进行具体磋商。农民军提出在江上增设浮桥，以便相互往来。苗答应照办，遂下令守城官兵打开城门，允许农民军入城做买卖。
于是农民军假装做买卖大批进入城内，守城官兵自然不行盘查，一一放行。苗为表示诚意，又下令城中官军尽撤弓刀炮矢，收缴入库，并说不要让人家怀疑嘛！
不过张献忠这样子一定就是诈降啦！
可为什么湖广巡抚会从卢象升变成了苗胙土呢？卢象升又到那里去了？这是因为明朝朝廷的战略重心又转移啦！。)&%