人为的麦田圈大多制作得非常粗糙。如图是2007年8月1日麦田圈与2013年7月6日人为仿制的圈的对比。
在很多麦田圈里，麦秆折弯处会出现节点，是结构改变导致弯曲，且弯曲后作物还能正常生长。人为用木板压制麦田圈的方法无法产生这一现象。
很多麦田圈当年对土壤产生了某些深层次的影响，从而对第二年该麦田区域的作物生长继续产生影响，以至于在航拍或卫星拍摄时可以看出部分麦田圈轮廓，这一现象被称为“幽灵麦田圈”，这也是人类所办不到的。
在极端天气下也有可能出现麦田圈。2013年7月29日，荷兰stadskanaal下了一夜的雷雨，头一天傍晚klundert夫人在麦田对面的一个公寓楼里拍摄了一张照片。第二天雨过天晴，她就发现那个地方有几个麦田圈在那里，于是又拍摄了一张。
此外，描绘外星人外形的麦田圈也不少。其中最复杂的当属2002年8月15日在阿雷西博天文台附近出现的一个麦田圈。该麦田圈倒伏的麦子分很多高度，有从根部弯折的，也有从中间弯折的，也有从头部弯折的，这样构成了深深浅浅的明暗色阶，人力几乎无法完成。
至于外星人如何制造麦田圈，主要有两种说法：一种说法是，麦田圈是“印”上去的，如图是打偏了的麦田圈；另一种说法是，制作者是有智慧的，而不是智能机器。他们用“带状飞镖”制作麦田圈，如图“辅助线”支持这种说法。
典型的麦田圈，完全没有破坏痕迹，麦秆丝毫无损地在被压下而改变方向（并非践踏或机械屈曲而成），麦田圈和周围的土地上有一些人眼无法看到的磁性小粒，分布均匀，离怪圈越远颗粒越少；麦秆像分层编织：顺或逆时计针方向间隔倒下，有时多至五层，但每粒谷仍像精致安排的一般秩序井然；图形以精确的计算绘画；无论图形多么复杂、工程多么浩大，它们都是一夜造就；并且，形成过程无人目击。
也有人认为，麦田圈只是一种自然现象，成因还未被人类发现。就像雷电，古时候人类也是以为是雷神电母做的。
对于麦田圈中经常出现人文信息的现象，他们认为这只是人们“先入为主”造成的错觉。
龙卷风说
从有关记载来看，麦田怪圈出现最多的季节是在夏天，有人认为，夏季天气变化无常，龙卷风是造成怪圈的主要原因。很多麦田怪圈出现在山边或离山六七公里的地方，这种地方很容易形成龙卷风。也有气象学家提出：大量尘埃包含在陆地上生成的小型龙卷风中，在风的作用下，尘埃与空气剧烈摩擦产生静电荷。神秘怪圈就是在带有静电荷的小型龙卷风的作用下产生的。
磁场说
有专家认为，磁场中有一种神奇的移动力，可产生一股电流，使农作物“平躺”在地面上。美国专家杰弗里·威尔逊研究了130多个麦田怪圈，发现90%的怪圈附近都有连接高压电线的变压器，方圆270米内都有一个水池。由于接受灌溉，麦田底部的土壤释放出的离子会产生负电，与高压电线相连的变压器则产生正电，负电和正电碰撞后会产生电磁能，从而击倒小麦形成怪圈。
预告说
一些人相信，麦田怪圈背后有种神秘的力量，就像百慕大三角一样。根据这种猜测，有人认为麦田怪圈是“灾难预告”。
高频辐射说
俄地质协会成员斯米尔诺夫决意解开此谜。斯米尔诺夫从麦田里捡了一些荞麦秆，并把它们带回自己的实验室。他把荞麦秆放进微波炉里，然后加入一杯水，在600瓦的高频辐射下，经过12秒钟，荞麦秆发生了奇异的变化，所有试验的麦秆都在节瘤处发生了弯曲，其形状与陶里亚蒂麦田里倒伏的麦秆完全一样。斯米尔诺夫因此得出推断，陶里亚蒂的麦田一定是受到了高频辐射，但哪儿来的高频辐射呢？斯米尔诺夫认为，也许来自地球内部的磁场变化。
俄电工学院的专家阿尔将耶夫的观点与斯米尔诺夫正好相反，他认为高频辐射来自闪电。阿尔将耶夫称，高频辐射使草本植物发生规律性倒伏并不稀罕，50年前他们就在学院的草坪上干过这事。当年，阿尔将耶夫与两名年轻的助手一起在学院的草坪上试验高频设备，当悬在草坪上的高压电缆被接通时，电缆下方的草坪立刻呈顺时针方向倒下，形成一个极其规律的圆圈。阿尔将耶夫解释说，当电缆通电时，草坪被电磁化，此时的草坪相当于电机里的定子，而电缆是转子，在电磁扭力的作用下，草坪上的草便发生扭曲。阿尔将耶夫认为，电缆所产生的电磁现象相当于人造闪电，而大自然的闪电更加奇妙，它会产生更加复杂的电磁场，因而也就可以画出更加奇妙的图案。
关于麦圈这一神秘现象的形成，阿尔将耶夫与斯米尔诺夫两位学者的观点似乎都很有说服力，不过，就算麦圈是高频辐射现象所为，但两人都没有证实，高频辐射来自哪里，是地磁现象？还是天空闪电？
1.外太空粒子束或能量束击打造成。大自然是鬼斧神工的最大制造者，在短时间内创造出如此大且规则的杰作而不被人察觉，人为制造的可能性非常低；另外怪圈出现在地球的能量带处且植物和土壤有明显变异特征，可以判断绝不是机械手段造成的，而最大的可能性是受到外太空飞来的粒子束或射线束的击打造成的。综上，怪圈很有可能是来自外太空的能量束受到地球磁场的影响后发散击打造成的。
一份名为《地面标记调查案例》的文件显示，1940年5月，飞行员发现康沃尔郡北纽奎地面曾出现奇怪标记，并拍下照片。对照片研究后发现，那些标记是由农业用石灰按规律堆放而成。1941年5月，蒙矛舍郡地区的玉米田中，出现一个不寻常的标记，大约30米长，好像是一个大写字母‘g’。1943年10月，肯特郡附近，飞行员看到地面出现一个巨大白圈。据报道，这些来历不明的“地面标志”，让当时正处于战争中的英国情报部门如临大敌。公布的文件称，1941年当大卫·佩特里被任命为mi5主管之后，他奉命对此进行调查。据称，为了查明真相，mi5不仅暗访了多名英国各地农夫和空军官员，而且与各盟国密切合作调查。