洪秀全派陈玉成将北王韦昌辉的人头送到了安徽。韦昌辉的首级被放在盐箱里，飞马解递到芜湖附近某村的翼王驻地，洪秀全还邀请翼王石达开回天京。
陈玉成对翼王石达开说：“翼王殿下，如今大仇得报，天国上下民心所归，都在翼王。诸将独服翼王谋略甚深。你若不回，天京必乱！”
石达开检验了韦昌辉的人头，是真的。但他脸上并无悦色，他对洪秀全的诚意有多少并无把握，便对陈玉成说：“小兄弟，伴君如伴虎，眼前的人头就是例子。我们都小看了天王。在这场天国浩劫之中，天王能毫发无损，他完全有能力稳住天京。”
石达开的判断是对的。洪秀全完全有能力稳住天京。韦昌辉被五马分尸后，他的党羽前后有两百人被杀。
没来得急跑出天京城的陈承容，也被洪秀全下了大狱，押入死牢。
燕王秦日纲原来奉北王韦昌辉之命，带着一万部属在外追杀翼王石达开，但他察觉到石达开深得太平军上下的支持，便掉头去打清军了。
北王韦昌辉被天王洪秀全杀了之后，秦日纲如一匹孤狼，带着队伍四处游荡，他是忠于洪秀全的，但是天京的大屠杀，他都有份，他不确定洪秀全将会怎么对他。
一个月后，秦日纲收到了洪秀全的圣旨，召他回京，圣旨中对他支持过韦昌辉只字没提，肯定了他的忠心。
秦日纲接到圣旨，痛哭流涕，对天长啸三声：“天王英明！”
于是，秦日纲率部马不停蹄赶回了天京，在城外，他的部众被李秀成收编。
秦日纲进了城，才发现自己被带去的不是天王府，而是天牢。
秦日纲预感到自己的下场，反而心情不那么紧张了，大笑，然后对李秀成说：“我要见天王最后一面！”
李秀成说：“沦落的囚徒，怎么会有资格见皇上呢？天王不想见你，但给你带了一句话。”
“什么话？”秦日纲连忙问。
李秀成说：“借你的人头一用。你的家人天王会照顾。”
听了这句话，秦日纲不再说话，一直到天牢里见到陈承容，他们被关在了一起！他大喊自己“冤枉”，要见天王。
陈承容说：“我们聪明一世糊涂一时，小看了天王，没有什么冤枉的！”
就这样，秦日纲也被天王诏旨召回天京和同谋的陈承珞一起被处斩。
天京内讧历时两个月，最后，洪秀全及其家族成了最大受益者，他们成为太平天国最高的实际统治者，拜上帝教的绝对权威。
但是，杨秀清和韦昌辉的死，让天国上下人心改变，政事不一，各有一心，天父天兄的死，所照成的信仰危机，引起了政治、军事危机的连锁反应。
内忧外患，亲自处理朝政时，洪秀全燋头烂额，他很怀念以前享乐的生活。洪秀全将燕王秦日纲和左天侯陈承容的人头也送到了石达开的营帐，再次邀请石达开回天京，并表示只要石达开回去，就改封“义王”。
当时社会的人，非常注重“义”字，它是维系农耕社会人际第一道德要素。因而尊称“义王”，是比东王更尊敬的称谓。石达开见洪秀全杀了天王最信任的秦日纲，还要封他做义王，被洪秀全的诚意感动，决定再给洪秀全一次机会。
1856年11下旬，石达开由安徽宁国回到天京。他以天国安危、大局为重，不再诛杀任何一个有悖与他的异己分子。
当石达开风尘仆仆来到天王府议事大厅时，在那儿聚集的部将陈玉成、李秀成等人，和朝臣把石达开环绕起来，对他寄以很大的希望，尊称他为“义王”。他们同举石达开提理政务，辅佐天王主持朝政，总理军国大事。
但石达开在天国有这么高的威望，这是他洪秀全未能料到的，也是为他不高兴的。洪秀全没有兑现自己的诺言，没有马上封石达开为义王。
洪秀全囿于群臣推举，才同意改封石达开为“义王”。石达开见状，怕自己步了东王后尘，坚持不接受“义王”，仍称翼王。
洪秀全也不再坚持，反而要将军权抓在手里，宣布自兼军师，所谓“主是朕做，军师也是联做”，集决策和行政大权于一身。
但石达开在天京，以自己的行为，安定人心，逐渐淡化和消除天京内讧带来的负面因素。太平天国是马上争天下的，在无日不战的大江南北几个战场，石达开又以高明的以守为攻的战略方针，重振军威，强化了拱卫天京的句容、溧水和镇江等卫星城镇的防御，特别是积极支持陈玉成、李秀成在两淮团结、联络十万捻军主力部队，使他们接受太平天国领导和封爵，联合作战。
石达开的声望日渐超过了天王洪秀全。洪秀全又寝食难安了，毕竟石达开全家被屠杀，洪秀全是有责任的。洪秀全便以他从古史中所学到的帝王学权术，开始挖石达开的墙角。
洪秀全在天国中枢的天王府，增设了掌率，并取消了六官二十四个正副丞相，改为天王府主持吏户礼兵刑工等六部的六个侯爵级丞相，他把亲信尽量超擢，放在这些重要位置上，如正掌率是弄臣蒙得恩，副掌率是天王的姐夫钟芳礼。
洪秀全还封两兄为王。他封长兄洪仁发为安王，次兄洪仁达为福王，让他们参政议军，和石达开并起并坐，但洪氏兄弟是朝野以至敌国皆知的庸才。他们只是天王的影子，抑制石达开，常与他抬杠、推横车。
石达开在天京的日子又日渐难过。石达开部属张遂谋建议他说：“翼王殿下，为了天国，我们再一次清君侧吧，诛杀洪氏兄弟，如屠两狗。”
石达开摇摇头，说：“不行，一言不合就杀人，那样我跟韦昌辉有什么区别？”
张遂谋问道：“那么我们该怎么办，这样下去，我们不杀他们，他们也会杀我们。”
石达开叹了一口气，说：“合则留，不合则去。”
石达开选择了离开天京，他借口赴南门外雨花台太平军驻地“讲道理”，就与曾锦谦、张遂谋等人离开了天京，经铜井镇渡江，取道无为州往安庆，沿途遍贴告示：
为沥剖血陈，谆谕众军民。
自愧无才智，天恩愧荷深。
惟矢忠真志，区区一片心，
上可对皇天，下可质世人。
去岁遭祸乱，狼狈赶回京，
自谓此愚衷，定蒙圣鉴明；
乃事有不然，诏旨降频仍，
重重生疑忌，一趣÷阁难尽陈。
疑多将图害，百喙难分清。
惟是用奋勉，出师再表真，
力酬上帝德，勉报主恩仁。
惟期成功后，予志复归林。
为此行谆谕，谆谕众军民。
依然守本分，各自立功名。
或随本主将，亦一样立勋。
一统太平日，各邀天恩荣。
洪秀全有石达开，不安，石达开跑了，他也不安。朝野还多有议论，他的两位老兄成事不足，败事有余。远在淮南战场的李秀成也甘冒不大韪上表，要求黜安王、福王爵，再启用翼王。而各路清军，尤其是江南大营在石达开离京后卷土重来，先后攻陷了溧水、句容，围困了镇江。天京内外交困。
洪秀全不得不听取众见，削去两位兄长的爵位，将爵号另设新爵，即六爵的天安、天福。并镌刻义王金牌一道及天京朝臣联合签名的求救表送往安庆，请石达开回京主政。石达开不接受封爵义王，也不表示回京。在杨秀清被杀后，他已两次奉天王旨进京的，但两次却又都是逃出来的，前车之鉴，风浪险恶，他是再也不愿第三次进京，和洪秀全合作了。
石达开留在安庆五个月，招聚安徽和天京的各路人马，他带走的人从四五千变成了四五万。
羽翼渐丰，石达开准备攻下江西，以江西为根据地，拿下安徽，然后西进四川，自立为王。而在江西，他最大的敌人就是曾国藩的数万湘军。
曾国藩的用兵战略，是分三步走，先攻下江西九江，再拿下安徽安庆，接着顺江而下，拿下天京！