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此版本为第三版的简易增删版。追加了《汉之云》部分，并据此调整了一些其他的细节内容。此外，将尚难真正确定时代的《轩辕伏魔录》部分移出。
上古神话年代：盘古以盘古斧开天辟地。众神以昆仑仙境中的造物仙鼎进行造世工程。女娲造出了世间生灵，包括人以及妖魔，并以造物仙鼎为原型制造了缩略版——炼妖壶。伏羲以太一之轮决定天下万物的生克规律。不知何故众神升天，昆仑仙境也自人间消失。神农氏尝百草，并以神农鼎敖炼仙药。为了救活病亡之爱女白玉，伏羲取出伏羲琴，而女娲造出女娲石，以伏羲所研究出的“天女白玉轮”救活女儿。昆仑镜自昆仑天宫失踪。崆峒印出现。路西法（撒旦）堕天，赛特前世也随着一起叛乱，并设计反曼陀罗阵。西方魔界入侵中原，中华诸神布下九天结界。
五方天帝并立时代：饕餮被昊天帝以伏魔古镜封印于雍州伏魔山。炎黄之争，氐人族逃避战火来到东海，盘古赐予其水中生活的能力。天女青儿为助爱侣黄帝，携带天神之剑与琴、笛、笙、磬四件乐器落到凡尘。其中四件乐器交付于炎帝之女——巫山女神，而天神之剑则为黄帝所用。后蚩尤与黄帝约战涿鹿，蚩尤败，但天神之剑亦断。天女以自身纯阳之力进行修复，名之为轩辕剑。但修复神剑的同时，天女的体质改变，不仅无法回到天上，更化作“旱魃”之身。黄帝自炎帝手中夺取东皇钟，并以此创造山海界，将炎帝麾下四灵诸侯以及追随他的异种异族（含部分氐人）放逐其中。因天女的体质，人界异变，故黄帝不得已又将天女放逐于山海界。被流放于山海界的天女，又被初代青龙圣者分为灵魄身三者，并以青龙圣兽所化之青龙灵木将天女之身封印。因天女失去回天界的能力，天帝震怒，遂决定不再帮助人类。
人魔大战年代：炎黄之争结束后，人类和妖魔之间的战争愈演愈烈。轩辕剑侠使用轩辕剑，大败妖魔，妖魔分为两派，一类主和，领导者称为“善神”，一类主战，领导者称为“恶神”。轩辕剑壹故事开始十七年前，善神决意联手恶神，和妖魔消灭人类。在一场战役中，大部分人类和妖魔同归于尽，善神、恶神以及轩辕剑侠下落不明。此后，人间处于暂时性的和平，人类与妖魔和平共处。好景不长，几年之后人类组织了轩辕剑帮，对于妖魔咄咄相逼，妖魔的生存受到了极大的威胁。其后，一名自称“恶神”的妖魔巴蛇出现，并给大地带来了许多强大的妖魔，形式逆转。至此，巴蛇所盘踞的火焰山与轩辕剑帮形成长期势力对峙状态，而人间又是一片生灵涂炭。为了牵制轩辕剑帮，巴蛇手下火凤凰绑架了轩辕剑帮帮主之女江如红（小倩）。轩辕剑壹故事开始。人魔最后一次大战之后十七年，轩辕剑侠之子少年何然（燕赤霞）奉师命闯荡江湖。经过一番历练，结识黑衣侠客杨坤硕（宁采臣），在凤凰塔救出江如红，打败火凤凰。轩辕剑壹故事结束。轩辕剑贰故事开始。何杨江三人结伴而行，决意去打倒恶神巴蛇。途中，他们在遇到了离开初建伊始的仙狐村中千年白狐古月圣，以及炼妖壶的管理者壶中仙。打倒了恶神巴蛇之后，按照壶中仙的意思将炼妖壶放入昆仑仙境中的造物仙鼎。但这时女娲出现，告知壶中仙的真实意图——将世界收入炼妖壶。最终何然，杨坤硕，古月圣以及江如红挫败了壶中仙的阴谋，壶中仙的头颅被轩辕剑封印于炼妖壶的鬼神之塔。轩辕剑贰故事结束。
公元前25世纪之前：柒与撒旦沟通，发明黑火。之后柒被封印于金茧，前一代文明古国蜀国也黑火暴走的缘故消失于历史中。
公元前25世纪至20世纪左右：前一代文明的遗民领袖蚕从王重新建立蜀国，留下严禁解除柒的封印的命令。
公元前12世纪左右，山海界中，天女之灵替代衰弱的初代青龙圣者维持天女之身的封印。
公元前11世纪左右（周朝建国）：姜太公在太一之轮上留下了“周克商”的生克（由于太一殿千年一开，时间上有冲突，推测是以类似五岳阵的方法进行）。蜀国内乱，黑火巨人神像被送至刚刚建立起的周王朝，且被周公旦下令铸为九鼎。之后，姜太公将夏后祭器封印在各个奇异的空间中：青龙之圭藏于和齐国大封神台相连的苍龙界；白虎之琥藏于与秦国陈宝祭庙相连的西王母所居昆仑界，并以昆仑镜对其设下结界；朱雀之璋藏于楚国中云梦泽下的湘君界；玄武之璜藏于晋国；黄麟之琮藏于宋国；苍螭之璧藏于周国的九鼎之间。
公元前642年，车芸出生。
公元前642年至公元前629年间，车氏遭到陷害惨遭灭门。车芸得以幸免成为遗孤，但亦被砍去双足，由车氏家臣端木老人抚养。此后，桓远之，嬴诗（慕容诗）先后来到春秋时代。桓远之进入晋国太辰宫，以天书之力得以擢升为太辰宫九龙子之叁龙子负屃。其后，积极推动太辰宫进行五岳阵以使得晋国获得王霸之气（间接影响太一之轮生克）。而嬴诗则与秦穆公之女弄玉相识，成为秦穆公义女，顺利寻找到藏于晋国的玄武之璜。其后，为了寻找青龙之圭，经秦穆公引荐，成为晋文公重耳的贴身保镖。
公元前629年，晋国入侵令狐国，七曜使者来到春秋时代，苍之涛故事开始。车芸回到旧宅寻找木甲技术，其后令狐国灭亡，国君身故。车芸随嬴诗（慕容诗）去了晋国。
公元前628年，晋侯重耳身故。桓远之帮助嬴诗收集夏后祭器。
公元前627年，五岳阵被七曜使者全灭。崤山之战发生。
分支1：在桓远之成功的利用五岳阵使得“晋克秦”后而没有嬴诗回到过去的历史中，此场战争的输赢无法得知，但造成了此历史上的嬴诗想要回到过去改变历史。此历史因为分支2而变得不存在。
分支2：秦大破晋国，慕容诗利用夏后祭器来到昊天界，在太一之轮上留下“秦克晋”的生克，导致出现一个我们完全不清楚的历史。唯一确定的就是七曜使者是来自于那个历史。此历史中，秦国使用了黑火，壶中仙一样难逃死噩，七曜使者是经由犀衍的帮助来到了春秋时代。此历史因为分支3而不存在了。
分支3：晋国在七曜使者的帮助下，赢了秦国。嬴诗死而复生，身份被揭穿。七曜使者和车芸一行都上了昊天界，最后桓远之成功的在太一之轮上留下了“晋克秦”的生克，误杀了车芸，被关在了太一神殿，而太一之轮则被成功封印，七曜使者随着消失，而车芸的记忆转移到了慕容诗的身上。苍之涛故事结束。
公元前459年，鬼谷子弟子蜀桑子立志想要改变天下。他拥有学来的机关术技术，并偷取了辗转落入鬼谷子手中的炼妖壶。不仅如此，蜀桑子对古蜀国文化进行研究，发现了黑火的存在。他在蜀国祭庙中找到了黑火护身符，以此为原料，炼化出了一女孩，取名为桑纹锦，并收之为女儿。此后，他进一步研究了黑火之力后，觉得黑火的力量过于强大，因此放弃。
公元前438年，辅子彻出生。
公元前420年，辅子彻在大梁城黄河堤口遇到机关人，枫之舞故事开始。之后在太室山救下被蜀桑子置于木箱中的桑纹锦，收伏蜀桑子的宠物疾鹏。之后蜀桑子夺走轩辕剑，而壶中仙得以释放，辅子彻将其头部放在机关人上。在桑纹锦以及同门铸石子的协力下，打败蜀桑子，夺回轩辕剑。桑纹锦身世曝光，利用炼妖壶的力量死又复生。枫之舞故事结束。壶中仙开始沉睡，恢复力量。
公元前413年，壶中仙苏醒，发现壶中世界妖魔大乱。
公元前412年，壶中仙找到神器东皇钟和昊天塔，建立云中界。
公元前409年，壶中世界妖魔谋乱，壶中仙欲借辅子彻和轩辕剑之力平乱，同时也和辅子彻初次提及他的谐韵计划。两人意见不合，大打出手，壶中仙败走，但走前，桑纹锦将有关于黑火的记载交给了壶中仙研究。
公元前404年，壶中仙找到黑火九鼎。
公元前403年，壶中仙以黑火的力量平息了壶中世界的叛乱，但是在他试验期间，七鼎黑火肆虐云中界，壶中仙被重创。
公元前398年，壶中仙协助楚国一统天下。辅子彻与壶中仙再战，辅子彻以轩辕剑力破周鼎，并将二鼎送回周国。
公元前397年，壶中仙约辅子彻战于泗水，辅子彻虽然以轩辕剑之力迎战七鼎之力，但是也因此力竭，而与轩辕剑一同被壶中仙封印于炼妖壶中，助阵的疾鹏也被投入云中界。而壶中仙也因为力竭而再次进入休眠期。
公元前400年，壶中仙开始栽培犀衍。
公元前330年，犀衍建立云彩之塔，协调云中界。
公元前300年，疾鹏建立多毛国。
公元前276年，桑纹锦接任墨家钜子一任。
公元前275年，白舆开始研究机关术和黑火一鼎（送回周王室的二鼎之一）
公元前274年，白舆被逐出墨门。
公元前260年，壶中仙开始帮助秦国。
公元前256年，壶中线召回另一个遗留在外的周鼎。
公元前241年，姬良出生。
公元前240年，秦国的机关术发展迅速，研制出巨雷。
公元前235年，屈娴出生。
公元前233年，水镜出生。
公元前221年，秦国统一天下。
公元前219年，嬴政在壶中仙的怂恿下开始求仙。
公元前218年，墨家不断迁移，水镜开始要求研究机关术，姬良博浪沙刺秦失败，轩辕剑肆故事开始。姬良学会使用天书，水镜刺秦失败，营救屈娴成功后一行人被壶中仙抛入云中界。化解了水鱼国和多毛国的战争问题，疾鹏跟水镜一行回到人界。其后，墨家被毁，桑纹锦被抓后被犀衍带至云中界紫云塔囚禁，之后犀衍也将收于蜀之太庙中的封印了柒的金茧带到紫云塔。水镜一行来到紫云塔救出桑纹锦，桑纹锦释放柒。柒重创壶中仙。几经波折，了解了桑纹锦原来是利用黑火护身符所炼化出的，所以会被柒控制。其后，一行进入壶中界，救出辅子彻，获得轩辕剑，打败了想要毁灭世界的柒和九鼎黑火龙。壶中仙就此与世长辞，身体被放入金蛹。姬良改名张良，墨家搬至云中界生活（桃花源雏形）。轩辕剑肆故事结束。
公元前208年，张良开始辅佐刘邦。
公元前201年，张良被册封为留侯。
公元前201~公元前84年间，因重大变故，神器殿中神器失散（与公元383年的分支1并不矛盾，因为该历史分支已经消失）。
公元前84年左右，何然利用崆峒印为氐人设下不老结界。
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公元219年，关羽北伐，暮云之母死于逃难途中。暮云与姐姐以及哥哥朝云失散。
洛阳少年徐暮云，幼时遭逢变故，流落荒野，幸得魏国前御史中丞徐庶所救，将之收为养子，抚养成人。在洛阳的那段童年时光中，暮云与青梅竹马兰茵、以及魏国名将张郃之孙张诰相交甚笃，一同习剑成长。十年匆匆，暮云如今已是英姿焕发、名满洛阳的少年剑客，但为求精进，暮云始终勤练剑术，希望有朝一日能以一身武艺协助恩师张郃，报效朝廷……纪元二二六年，魏帝曹丕猝然而逝，留下年纪尚轻的新帝，以及尚未稳固的社稷；屡次交兵的南方孙权本就蠢蠢欲动，而沉寂多年的西川蜀汉，更于丞相诸葛亮令下，于纪元二二八年也开始频频出兵进犯，使得朝野陷入了人心徨恐的动荡里。在此之时，暮云受到义兄曹侍中之托，屡次前往战场协助魏军作战；然而，由于徐庶曾与蜀汉之刘备、诸葛亮、赵云等人相交甚笃，极为担心老友安危，因此十分反对暮云参与战事，让暮云深陷在父亲与义兄的矛盾立场里……
公元196年，天女青儿的四件乐器所化人形的老三笙儿（横艾），与年仅16岁的诸葛亮初逢。
公元205年，曹植与嫂嫂甑宓私通诞下二子，一子即为曹睿，另一子流落民间。
公元208年，赤壁之战，笙儿的大姐巫山仙子琴儿以自己百年寿命为周瑜借来东风，轩辕剑转世双生子——朝云与暮云的父皇甫疾死于赤壁之火。
公元210年，周瑜为琴儿所感，放下功业与小乔，设计诈死，与琴儿同赴巫山。
公元218年，昊天塔转世为陆承轩，出生于建业。
公元219年，关羽北伐，朝云之母死于逃难途中。朝云与姐姐以及弟弟暮云失散。
公元222年，马良战死，马良之女马蕴（端蒙）流落于南蛮。
公元225年，华妍收养马腾之孙马弃。
公元226年，曹睿即位，并着人私下寻回流落民间的兄长。
公元228年，诸葛亮第一次北伐失败后，马谡被斩，被马谡寻回的马蕴以及马谡幺子尚章遂成孤儿。
公元229年，持国使赵云病故。
公元230年，孙权遣人至海上求仙，耶亚希自夷洲被带回吴国。诸葛亮第三次北伐，飞羽首次出击建功。
公元231年，诸葛亮发动第四次北伐，汉之云故事开始。飞羽执行各项特殊任务，包括袭击魏军后方诱战，掩护汉军上邽割麦等。直至汉军粮资匮乏无功回师，飞羽于木门道负责断后并诱杀魏将张郃。
公元232年，飞羽受任四下寻找关羽，张飞以及赵云昔日所用之武器。
公元233年，暮云失手将养父徐庶杀死，此后尊徐庶遗命保护诸葛亮。而羽之部受任寻找续命之法所需之雪山玉参，归来途中救助孙权出使于公孙渊之使者，此后又前往巫山寻找巫山瑶花。诸葛亮着手准备第五次北伐。
公元234年，飞羽前往洛阳刺杀曹睿，未果。诸葛亮第五次北伐。飞羽设计，将司马懿困于葫芦谷；曹睿来救，但为朝云重伤。北伐依然无功，以续命之法复活的赵云为了汉国得以休养生息，决意令飞羽刺杀屡屡劳师动众的诸葛亮。观星台三上三博，最终诸葛亮亡故，朝云杀暮云后二人剑气合二为一。而曹睿重伤不治身亡，其胞兄取而代之。笙儿之妹磬儿（赤衣）为替爱侣曹睿报仇，来到观星台与飞羽众人展开殊死决战。最终，飞羽解体，朝云带着耶亚希以及她的族人回到夷洲，之后独身前往山海界；而笙儿则告知赵云行刺诸葛亮的幕后黑手正是诸葛亮本人。汉之云故事结束。
公元244年，续命之法效尽，赵云再度亡故。此后笙儿以伏羲琴之力消除众人对飞羽的记忆。
朝云以盘古斧之力进入山海界，以求解救天女青儿。在山海界中，他将身体交由暮云的意识控制，自身陷入沉睡。在他进入山海界的同时，也将无法控制自身力量而弑亲的陆承轩一同带入。此时山海界中东皇钟也已转世为夏柔。天女之灵无法继续维系封印，天女封印力量衰退，山海界天气异变。因资源匮乏，山海界进入战争状态。轩辕剑伍故事开始。皇甫暮云救出天女之魄，积极收集不灭之火意图以朱雀灵兽破除青龙灵兽的封印。陆承轩与夏柔相识，同去遗世之都接受继任青龙圣者的测试。夏柔被选中为第三任青龙圣者，寻找失散的二十八颗星曜石。天女之魄青魅占据青龙圣者身体，完成魄灵合体。
分支1：星曜石收集齐全。朱雀灵兽复活，天女完全苏醒。因皇甫暮云的牺牲，天女自愿被再度封印。
分支2：星曜石收集不齐全，一场恶战后青魅被消灭，而皇甫暮云和陆承轩同归于尽，恢复为神器原形（按《天之痕》古月说法推测，普通结局为真结局）。轩辕剑伍故事结束。此为我们所存在的历史。夏柔将轩辕剑送回轩辕界（人间），但因两界间时间流动速度不一，此时轩辕界已过百年，皇甫朝云与耶亚希灵体相会。
公元363年，桓远之出生。
公元366年，慕容诗出生。
公元373年，太一神殿大门千年一次再度打开的日子，慕容诗再见桓远之的日子（此时间按照计算得来）。
公元383年，淝水之战。
分支1：秦国大败晋国，桓远之巧入云中界，遭遇疾鹏，得知了五岳阵和失却之阵，遂利用天书和尚在神器殿的上古神器部下失却之阵回到了春秋时代，意图改变历史。但是此段历史因为桓远之的关系，使得存在率完全消失，所以也就不存在，也不是我们所经历的历史。
分支2：由于桓远之成功的利用五岳阵成功的影响了生克。晋国大败秦国，慕容诗在水镜（留侯夫人）的帮助下，带着这个时代的轩辕剑（剑是慕容垂给予，因此推测，轩辕剑应该在之前就从水镜手中脱出），利用桓远之在云中界造成的时光裂痕，回到了春秋时代，也意图改变历史。由于成功添加上“秦克晋”的生克，加速了历史进程（造成七曜使者的原因），所以此段历史亦不存在。
分支3：由于桓远之成功在太一轮上添加了“晋克秦”的生克。晋国大败秦国，慕容诗在水镜的帮助下，带着这个时代的轩辕剑，利用桓远之在云中界造成的时光裂痕，回到了春秋时代，也意图改变历史，但是没能成功。与前世车芸记忆融合，回到属于她的时代，将一些受到战争殃及的百姓带入桃花源（云中界）。
公元589年，扬拓（宇文拓）出生。
公元599年，独孤宁珂出生。
公元600年，拓跋玉儿出生。真独孤宁珂夭折，身体被妮可依附。
公元601年，陈靖仇出生。陈朝遗族在江南兴兵意图推翻隋朝，复兴大陈，但是遇到扬拓（宇文拓）以及所携轩辕剑，全军覆没。
公元602年，于小雪出生。
公元615年，8月，隋炀帝屠戮拓跋部落。10月，陈靖仇开始学习鬼谷道术，张烈回到北方重整拓跋部落。
公元616年，3月，宇文拓利用自身力量得知天之痕所在以及修补方法，北上涿郡取神农鼎，独孤宁珂提供代替虚空之阵的巴别之路，宇文拓开始修建通天塔。4月，独孤宁珂告密宇文拓私藏神农鼎。5月，陈辅带陈靖仇去伏魔山寻找昆仑镜，天之痕故事开始。陈辅和饕餮同困伏魔山洞，陈靖仇月河村初遇小雪，6月（猜测），黑山镇与玉儿相逢。7月，宇文拓开始命令属下执行万灵血计划，第一次万灵血雁门启动。拓跋玉儿混入龙舟行刺隋炀帝。在豆子坑遇到程咬金等人，东莱第二次万灵血，同时从独孤宁珂手中取回神农鼎。8月，得知公山铁逝世，出海寻仙。在历经氐人，黑龙王，玉儿毁容等剧情之后，终于救出陈辅，且从仙山岛回到中土。之后宇文拓积极活跃于整个游戏，万灵血全部完成，小雪背叛，玉儿惨死。同月，一切真相大白，独孤宁珂终于露出本来面目。
分支1：魔界降临。从古月圣口中隐约得知轩伍故事梗概。陈靖仇一行利用失却之阵回到过去的时间点，以便阻止魔界入侵。但是此历史中，已经无法改变魔界降临的事实，即使万灵血已经被毁，可以阻止进一步结界裂缝的增大，但是由于本属于此历史中的陈靖仇一行的离开，对于之后的事态发展，无法预计，且此历史已经不属于我们所处的历史了。
分支2：魔界降临历史中的陈靖仇一行来到本历史魔界尚未降临之前的时间，成功的阻止了魔界入侵，杀死了魔化陈辅，完成了九天结界的封印。张烈看出李世民有弑父杀兄之相，古月圣答应若李世民施暴政，则让其染疾而亡。天之痕故事结束。
公元625年，唐朝建立。陈靖仇一行人成功修补九天结界后所回到人间的时间点。宇文拓带着炼妖壶和藏有独孤宁珂（妮可）灵魂的伏羲琴，去了西方。陈靖仇接管了轩辕剑。
公元626年，玄武门之变，李世民发动政变，杀死手足兄弟李建成，李元吉。后李渊立李世民为太子。
公元628年，陈靖仇和于小雪去终南山祭拜陈辅的衣冠冢，遇到投胎转世的拓跋玉儿（小雪线结局，按照轩网的“三个人的时光”称号任务，推测此结局为《天之痕》真结局）。
公元628年至公元649年间，康那里士质疑永生的可能性，被逐出教会。他开始学习黑魔术，并对自己施以僵尸之法，四处咒杀可能对他不利的人。后遭围剿死去，但依旧能以尸体的形态活动。
公元649年，古月圣依诺，让李世民染疾而终。
公元725年，独孤宁珂的灵魂净化完成（以公元625年为起点计算100年）。
公元729年，赛特出生。
公元741年，赛特开始为丕平担任谍报工作。
公元749年，赛特奉命寻找战争不败之术，轩辕剑叁故事开始。在威尼斯遇到恶魔妮可，在地中海认识薇达。此段虽然赛特利用了穿梭时间的能力解救了自己，但是这是一个必然的循环，所以不存在历史上的分支。
公元750年，赛特到达中东地区，来到了肯迪之家学习占星术，之后大食内乱，与精灵卡玛和黑猫安卡相遇，认识了从中国来的慧彦。
公元751年，赛特来到巴格达，认识石国王子远恩与段秀实。之后挟持了远恩，一行人行经怛罗斯，慧彦为阻止大食入侵，在战场上阵亡。之后经历了一段五年幻象的历史，终于到达中国，住在翰林学士白连仪家，开始学习王道精神。
公元755年，赛特掌握安禄山谋反证据，通过密道闯入皇宫，在毁掉撒旦的肉身（麦尔斯）之后，被撒旦所杀。
公元756年，安史之乱，唐朝陷入动荡时期。赛特灵魂遇到李白，得返天山，在轩辕剑仙的帮助下复活，撒旦被封印。赛特携带轩辕剑以及安卡来到阿拉伯地区，陪伴薇达，轩辕剑叁故事结束。
公元766年，薇达身故，赛特回到欧洲，寻找妮可的转世，且协助查理曼大帝建立大业。
公元786年，赛特身故。其后，轩辕剑与炼妖壶一同则辗转回到中国。
公元855年，撒旦力量足够，脱离炼妖壶。其后炼妖壶由少渊峰墨门保管，轩辕剑则由梁错祖先保管。
公元1216年，于小雪重新变回人形，常在终南山下陈靖仇与拓跋玉儿幕前回忆往昔（玉儿线结局）。