1658年朝鲜年号崇祯三十一年成为朝鲜维新元年。中国、朝鲜工业品涌入日本，给日本手工业者造成致命打击，戴笠、田川七左卫门治下的长崎，打破了旧有等级制度，贸易发达工业兴起。日本大名是按农户土地收成的4--5成收税，长崎只收两成。封闭的日本幕府藩镇体制受到强烈冲击。
四月九日深夜，长崎县界一小队士兵在巡逻，军犬嗅出异样不停地向路边树上吠叫，长时间无战事让人迟钝，队长稍有迟疑再做反应来不及了，寒光闪过有人被暗器击中，眨眼间一群黑衣武士冲到跟前，短暂的搏杀过后，队员全部遇难，未来得及开枪示警。
日本佐贺、长州等藩镇大名联合突袭长崎，而最早和中国新军交手的萨摩藩未出一兵一卒。黑衣武士后面是隐藏在暗夜里的两万精兵，他们快速向长崎逼近。最外围的军营外哨兵发现黑影举枪盘问口令，一名黑衣从后面将其刺杀，大队敌兵奔向军营，情况万分危急。突然枪声响起，前面的黑衣人中弹倒地，敌人没有侦查到的我军暗哨连续射击，军营鸣响警报。长崎地处前线，守备此处的一个营足齐装满员，每个班装备两只步枪和双筒猎枪，配属一个80迫击炮排。
敌楼和院墙上抛下火圈、火把，敌人暴露行迹开始强攻，他们很快就知道萨摩藩为什么不出兵了。日本藩兵使用的是鸟铳和少量仿造的燧发枪，中国新军的双筒猎枪威力大射速快，最恐怖的是枪声清脆的步枪，藩兵一半的军官头领被它击毙。酒精燃烧瓶让冲到墙下的藩兵毛骨悚然。
大批藩兵绕过军营直扑长崎市区，得到预警的长崎守卫部队在城市边缘组织起防线，打退敌偷袭。天明，各路藩兵二十余万人陆续赶到，但面对两个团的新军寸步难行。琉球独立师师长郑晓龙长出一口气，偷袭令我军损失几百人，一旦进入市区后果不堪设想。现在他手里还有两只预备队3000人朝鲜义军独立营，还有田川七左卫门招募日本武士、浪人组建的长崎警备团4000人，只是装备差一些。一比十的数量对比，兵力足够用了。各路藩兵无力攻坚退却，长崎军倾城而出离开营垒逼近佐贺藩老巢，藩兵停止退却，双方都想在野战中一决高下。郑晓龙带领参谋观察地形，敌人让出大块开阔地带在考验对手的胆量。郑晓龙后命令各部连夜进入预设阵地，每人一把工兵锹，总参对部队土工作业训练极为重视，该检验一下实战能力了。
天光大亮，新军两个团万余人只有三千人列阵迎敌，阵前用沙包垒砌成简单的掩体，后面战壕里是预备队，再向后不到五百米高岗上就是师指挥部。藩兵开始上万人的轮番进攻，明军用步枪在200米左右射杀敌人军官，滑膛枪须等到40米以内才开火。敌人的火炮完全成了靶子。战至下午，绝望的佐贺藩做最后一搏，步卒在前冲击，集结骑兵。打垮步卒后明军转入战壕，炮兵开始轰击骑兵，偶有冲到跟前的骑兵对战壕中的士兵没多大威胁。战斗是毫无悬念的，新军使用掩体都显得过于小心了，但轻微的损失和巨大的战果令士气高涨。
该反攻了，朝鲜独立营和长崎警备团早就憋得不耐烦了。长崎警备团除参谋长外连以上军官都是金门讲武堂的日本士官生，团长宫泽亮、副团长西乡胜是少有的一期生。桂王对于组建日本人为主体的部队是非常不情愿的，长崎总督戴笠先生多次上书，林诚总参谋长保举才有今日的警备团。长崎总督戴笠赶来做战前动员：“我信赖的勇士们，你们不是藩主的家丁，不是大名的奴仆，不是杀人的机器，而是光荣的中国军队的一员，是威武之师更是仁义之师，今天你们将第一次为黎民百姓而战，去保护他们的家园和妻儿。前面是凶残的藩兵，他们要摧毁我们历尽艰辛建设的城市、乡村。冲上去！试看谁是真正的勇士，用佐贺藩的军旗擦干你们钢刀上血迹吧！”现在到了报答知遇之恩的时候了，警备团有1500名骑兵是反攻的尖刀。师长郑晓龙亮出钢刀：“骑兵营，前进！”一马当先冲向敌阵，骑兵快速穿插分割敌军，步兵刺刀、大刀并举奋勇追击。日本武士是从小训练的职业军人，战斗力非常强悍，执行命令坚决，面对同族的对手毫不留情。郑晓龙身中流矢不下火线，三军奋勇。溃退的藩兵武士在强大的攻势面前终于放弃了抵抗降者无数。
冲到敌人营垒前，炮兵轰开营门，与敌人有世仇的朝鲜战士冲在最前面，无须恋战，他们点燃引信抛出手雷，手雷在敌群和营帐里炸开了花，快速解决战斗。曾经是建章营专用的点燃式手雷已经被带延时引信的拉发式手榴弹取代，部队可以很奢侈地打光库存。
藩兵来自十多个大小藩镇，人数虽多终究难以齐心，面对未曾见过的强大火力溃散逃向本州岛。大战过后尸横遍野战马哀鸣，战场上空一片愁云惨雾。
佐贺藩开城投降，五天的长崎反击战结束，毙伤敌三万俘敌六万，新军未穷追溃兵，不杀伤兵已是手下留情了。这个年代日本藩镇间、民族间，甚至包括汉人自身在战争中屠杀战俘、平民司空见惯。戴笠、郑晓龙严令朝鲜、日本部队不得大开杀戒，违者就地处决。不杀俘虏是桂王的底线，不能约束部队的将帅一律召回受审。
郑晓龙伤口感染病情危重，四月底，林诚率舰队赶到，台湾来的医生使用最新的麻醉和输血方法为他做了清创手术，郑晓龙回台湾休养，新疗法挽救了一位少将。用试管离心机分离血清不是难事，目前可以分辨A、B、O三种血型。军医为所有战士化验血型，并印在军服里。良好的战地医疗就是战斗力。
朝鲜将领边岌率5000步兵新军登陆长崎，整编组建朝鲜步兵师。林诚坐镇长崎驱逐九州日本藩镇，舰队摧毁各反叛藩兵战船，炮击大阪港炮台，幕府被迫开放最大的贸易港大阪，赔偿白银三千万两。对马岛藩镇宗室宣布中立，成为朝鲜贸易和军事基地。
日本最具外向思维的萨摩藩向中国称臣，请求留在九州。内阁只准其保留财产，取消一切政府行为和武装。林诚指挥舰队登陆日本本岛，长崎警备团帮助萨摩藩占领反叛的长州藩领地，九州的佐贺藩失去领地，、长州藩丢掉大半，两大藩镇退向岛内，风光不再。
六月，海南、长崎、吕宋、新加坡、雅加达各地大学落成，全国进行第一次高考，考生可以在本地考试报考大学。只有厦门有完备的中学教育，考生几乎被一抢而空，可谓“天下精英出厦门”。大学好建哪有那么多教师啊！各地教师薪水翻着翻的涨也无济于事，不管怎样重视教育已经不用远儿操心了。
七月，内阁决议由日本人成立政府管理九州岛，日本留学生宫泽亮、西乡胜、武宫义、晁安南等成立日本东林党，日本留学生改名单字或干脆取汉名已成风气。回国前，日本东林党核心来向桂王辞行，桂王问晁安南：“晁君可是阿倍仲麻吕后人？”“正是。”桂王点点，“好，令先祖晁衡在大唐官至安南节度使，勤勉有功，名门之后当为两国多做好事。”转而对宫泽亮、西乡胜说道：“二位骁将一战扬名，此去我麾下少了两员上将啊！”“学生永远听校长指挥！”桂王摆摆手说道：“你们要永远听良心的指挥，日本武士崇尚正直、简朴、礼、义、廉耻和忠诚。唯独少了‘仁’，藩主大名为了统治只强调‘忠’。你们年轻执掌大权凡事切记戒急用忍，去改造你们的国家吧，一个文明昌盛的日本在召唤你们！”
萨摩藩主岛津光久拜见首相瞿昌文。将儿子岛津纲久和八岁的嫡长孙岛津纲贵留在台湾学习，亦有为人质以示忠诚的意思。
日本幕府使节来访请罪，内阁奏请桂王减免幕府赔款至500万两全部转给日本东林党。长崎一役打出去几十万两银子，伤亡千百将士，一个子没赚一块地不要！依远儿的意思解放者也好侵略者也罢，至少九州岛该留下，老师们倒是大方只想做个引领者。长崎原是幕府特准荷兰人经商的港口，如今西洋商人云集，是政府财政收入支柱。如果接手九州岛全境，五六年内恐怕还要搭钱。朝鲜经营四五年堪堪持平，内地也要花钱，除了金门、厦门、琉球其他地方都差不多。只见工商贸易额涨，财政就是连年赤字。
也许内阁和老师们是对的，汉武大帝驱逐了匈奴也打穷了国家，汉武帝尚在，边疆胡人又来，仅凭武力挡不住五胡乱华，也阻止不了元蒙满清的铁骑。日本有人在怀念大宋，朝鲜更是感念大明，文明才是和平的压仓石，三千万两银子和收服人心相比确实不算什么。
不管怎样远儿心中就是不痛快，传话内阁抑制还处于边缘化的神道教，如果日本有人搞政教合一不惜一切代价剿灭之！绝不姑息！
日本正处在人口过剩时期，粮食勉强自给。武士阶层固化不能从事生产，加重了社会负担。底层武士、浪人近乎赤贫，无法娶妻生子成为不安定的因素，也造就了畸形的性文化。
遭受打击的长州藩、萨摩藩等无力维持原有藩兵裁撤武士员额，浪人激增成为大问题。日本东林党成立九州府宫泽亮为知事，废除等级制，其他亦仿中国维新建制。台湾派军事参谋团，以长崎警备团为骨干招募武士建日本陆军十万、海军一万，朝鲜师驻对马岛，设联合司令部于长崎，由战区司令钱应魁中将统一指挥，弹压九州地面与日本幕府对峙。戴笠总督日本事物为九州实际最高首脑，中国同意向九州府出售炸药、钢材、滑膛枪，萨摩藩宣布归顺九州府。岛津氏在九州岛有银矿和金矿因幕府干预关闭，用上蒸汽机等采矿设备产量倍增，大量采购军火，在本岛的萨摩藩火力高出其他大名一截，长州藩、幕府拿他也没办法。长崎总算远离敌区，可以放心发展了，海军在佐世保开设军港。
经过几年筛选验证科学院发现了数种沸石，日本沸石性能好矿藏多。不同的天然沸石研碎烧结可以制成不同性能的分子筛，具有吸附、净化、离子交换等功能，又可以增强水泥性能，做饲料添加剂等等用途极广。中国大量采购日本沸石、硫磺，有助于贸易平衡缓解矛盾。
日本平民没有姓氏，没了等级制度，九州府要求平民自取姓氏，桂王特意来电要求戴笠拟好姓氏供百姓挑选，也可以仿照琉球取汉姓。戴笠这才发现九州平民没文化又不拿姓氏当回事，取的姓氏诸如“井上、松下、河野、渡边、山口”实在不雅，更有“犬养、龟田”不堪入耳，感慨桂王无微不至。
戴笠总督释放了藩兵战俘交给九州府，加上各藩武士失去藩主没有生计，九州府一时无法安置，只好招募六万人一半交给李来亨去海参崴、库页岛垦殖，一半去台湾做工。